منابع تاریخی باید مستند و معتبرو مورتایید دانشمندان اهل فن باشند. تاریخ طبری ازنظر اکثر محققان، سند تاریخی مورد اعتماد نیست. بیشترین مطالب پیرامون اتفاقات صدر اسلام است که بسیاری از تاریخ نویسان از حدود یک قرن پس از وفات طبری در برخی از آنها تشکیک کرده‌اند. خود طبری نیز درباره بسیاری از روایت‌های خود گفته است که درباره تشخیص میزان اعتماد به سند آنها باید به خدا پناه برد.
مهم‌ترین اشکال طبری در این است که او بدون تحقیق درباره سندیت، همه روایات و نقل قول اشخاص را در کتاب خود درج کرده است و بسیاری از این ناقِلان حدیث نسبت به اهل بیت پیامبر بغض و کینه داشته‌اند. همچنین بسیاری از اشکالاتی که امروزه از سوی مخالفان نسبت به اسلام یا از وهابیت نسبت به مذهب شیعه وارد می‌شود، استناد به نقل‌های این کتاب دارد.
ازسوی دیگر طبری تاریخ نگار منصف و بی طرف نیست و بیشتر حوادث صدر اسلام و مسأله خلافت را با تفصیل نقل می‌کند اما از وقایع مهمی به سادگی می‌گذرد و تا حد بسیاری آن را مختصر می‌سازد. دراین زمینه برای مطالعه بیشتر ومستدل به :
1-کتاب تاریخ ایران بعد از اسلام وکتاب دو قرن سکوت نوشته عبد الحسین زرین کوب
2-کتاب خدمات متقابل اسلام و ایران نوشته استاد شهید مطهری مراجعه نمایید.