هارون الرشید (پنجمین خلیفه عباسی) که دشمنی و ناسازگاری غیر قابل انکاری با ذریه و فرزندان حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها و اولاد و احفاد امیرمومنان علیه السلام داشت، در آزار و شکنجه سادات علوی و منتسبین به خاندان امامت و ولایت، کوتاهی نمی کرد .وی که از مستبدترین حاکمان عباسی و جنایت کارترین آن ها است، وجود شریف امام موسی کاظم علیه السلام و مقام و معنویت وی و احترام مردم نسبت به او را، تحمل نمی کرد و از این بابت، بسیار نارحت و عصبانی بود.
سرانجام در رمضان سال 179 قمری، که برای مراسم عمره وارد مکه شد و سپس به مدینه رفته بود، در آن جا دستور داد امام موسی کاظم علیه السلام را دستگیر کنند. مأموران هارون، امام موسی کاظم علیه السلام را در حالی که در کنار قبر جدش حضرت محمد صلی الله علیه و آله، به نماز و نیایش اشتغال داشت، دستگیر کردند و به نزد هارون بردند.
هارون دستور داد، وی را در غل و زنجیر کرده و به سوی عراق حرکت دهند. وی برای سردرگمی مردم و پیش گیری از عکس العمل های احتمالی مردمی، دو محمل ترتیب داد و یکی را به سوی بغداد و دیگری را به سوی بصره روان داشت.
امام موسی کاظم علیه السلام را در محمل بصره قرار داد. مأموران حکومتی، در هفتم ذی الحجه همان سال، امام موسی کاظم علیه السلام را تسلیم عیسی بن جعفر بن منصور دوانقی، پسر عموی هارون الرشید و حاکم وی در بصره نمودند.
عیسی بن جعفر، آن حضرت را در یکی از حجره های خانه خویش محبوس کرد و در آغاز به وی سخت گیری نمود ولی بعدها که عبادت و نیایش های دراز مدت آن حضرت را از نزدیک مشاهده کرد، از سخت گیری خویش نسبت به آن حضرت کاهید و به هارون نامه نوشت که آن حضرت را از حبس خانه وی خارج کند، در غیر این صورت، وی خودش آن حضرت را آزاد می کند.
از دعاهای امام در گوشه ی زندان این دعا بود: «اللّهُمَّ اِنَّکَ تَعلَمُ اِنِّی کُنتُ اَسئَلُکَ اِن تُفرِغَنی لِعِبادَتِکَ اَللّهُمَّ وَ قَد فَعَلتُ فَلَکَ الحَمدُ؛ خداوندا! تو می دانی که من از تو تقاضا کرده بودم، مرا در گوشه ای خلوت قرار دهی تا مشغول عبادت باشم، تو تقاضای مرا برآوردی، تو را سپاس می گویم.»
هارون، به ناچار امام موسی کاظم علیه السلام را از حبس بصره خارج کرد و وی را به بغداد منتقل نمود و در خانه فضل بن ربیع، زندانی کرد.
در آن مدتی که امام علیه السلام در نزد فضل بن ربیع زندانی بود، چند بار هارون از فضل بن ربیع درخواست کرد که آن حضرت را به شهادت رساند، ولی وی امتناع کرد و از این امر سر باز زد.
هارون، بار دیگر آن امام همام را از زندان فضل ربیع، به زندان فضل بن یحیی برمکی منتقل کرد و از وی درخواست نمود که آن حضرت را به شهادت برساند. ولی فضل بن یحیی نیز امتناع نمود و در مقابل بر اعزاز و اکرام آن حضرت افزود. هارون که از رفتار فضل بن یحیی به خشم آمده بود، دستور داد وی را دستگیر و یک صد تازیانه بر بدنش بزنند و از تمام مناصب و مقامات بر کنارش کنند و امام موسی کاظم علیه السلام را به زندان "سندی بن شاهک" منتقل کرده و در آن جا وی را شکنجه و آزار نمایند.
در مورد امام آمده است: لا یَزالُ یَنتَقِلُ مِن سِجنٍ اِلَی سِجن؛ آن حضرت همواره از زندانی به زندان دیگر منتقل می شد. تا اینکه امام مظلوم به زندان مخوف و تاریک سِندی بن شاهک ملعون منتقل شده تحت شکنجه قرار گرفت.
سندی بن شاهک با قساوت قلب و سنگ دلی تمام، با آن حضرت رفتار می کرد و پس از چندی شکنجه و آزار طاقت فرسا به دستور هارون الرشید به آن حضرت، خرمای مسموم خورانید(2) و وی را غریبانه و مظلومانه به شهادت رسانید.
پس از شهادت امام کاظم علیه السلام، سندی بن شاهک در یک عمل فریب کارانه، فقها، قضات و بزرگان بغداد را حاضر ساخت و جسد مطهر امام علیه السلام را به آنان نشان داد و گفت: ببینید که وی بدون هیچ جراحت و زخمی و به اجل عادی از دنیا رفته است و کسی در رحلت وی، مقصر نبوده است. سپس جنازه مطهر امام علیه السلام را به مدت سه روز در جسر بغداد گذاشته و روی مبارکش را گشوده و مردم را ندا می کردند که این موسی بن جعفر علیه السلام است که از دنیا رفته و بیایید وی را مشاهده کنید. مردم دسته، دسته می آمدند و آن حضرت را نگاه می کردند. پس از آن، با همت والای سلیمان بن منصور، عموی هارون الرشید، که از اشراف و صاحب نفوذان عباسی بود، تشییع جنازه باشکوهی از جنازه امام موسی کاظم علیه السلام به عمل آمد و جنازه امام را به محل نگهبانان آوردند، مردم نیز اجتماع کردند و جنازه را با احترام تا قبرستان قریش تشییع نمودند در مقابر قریش، دربغداد به خاک سپرده شد.[الارشاد، ص 579؛ المستجاد، ص 189؛ منتهی الآمال، ج2، ص 212؛ تاریخ بغداد (خطیب بغدادی)، ج31، ص 29؛ وقایع الایام، ص 322 و (عیون اخبارالرضا علیه السلام )شیخ صدوق، ج2، ص 92].(3)
درباره کیفیت شهادت امام سه روایت مختلف نقل شده است:
1)شهادت آن حضرت در پى مسموم کردن امام صورت گرفته است. این در روایتى از امام رضا علیه السّلام آمده است. همینطور روایات دیگرى که یحیى بن خالد را به قتل آن حضرت متهم مى‌کند، این نکته آمده است.
2)در نقلى آمده است که آن حضرت را در فرشى پیچانده و چنان فشار داده‌اند که حضرت به شهادت رسیده است. [.مقاتل الطالبیین، ص 336].
3) روایت دیگر آن است که مستوفى نقل کرده: شیعه گویند به فرمان هارون الرشید سرب گداخته در حلق ایشان ریختند. [تاریخ گزیده، ص 204]
در این باره روایتى که بیش از همه شهرت دارد، مسموم ساختن امام است. پس از شهادت امام، جسد مبارک آن حضرت را به دو دلیل در معرض دید خواص اهل بغداد و عموم مردم قرار دادند: بنا به نوشته اربلى، سندى بن شاهک، فقها و وجوه اهل بغداد را که هیثم بن عدى نیز در میان آنها دیده مى‌شد، بر سر جسد مبارک امام آورد تا ببینند زخم و جراحت و یا آثار خفگى در بدن آن حضرت وجود ندارد و به مرگ طبیعى از دنیا رفته است. از آنجا که برخى از شیعیان معتقد به مهدویت آن حضرت بودند و یا احتمال داشت اعتقاد به مهدویت او پیدا کنند، جسد امام را روى پل بغداد بر زمین نهادند و یحیى بن خالد دستور داد تا فریاد زنند: این موسى بن جعفر است که رافضه معتقدند او نمرده است. پس از آن مردم آمده و او را در حالى که از دنیا رفته بود نگاه کردند. آنگاه جنازه را در «باب التین» بغداد در مقبره قریشى‌ها دفن کردند. [کشف الغمه ج 2، ص 234]
تاریخ شهادت امام بنا به نقل شیخ صدوق 25 رجب 183 بنا به نقل شیخ مفید 24 رجب، و در نقل مستوفى، روز جمعه 14 صفر بوده است.