با وجود روابط نسبتا مناسب و پیشگامی ایران در خصوص کمک به بازسازی افغانستان و حمایت های تاریخی نظیر پناه دادن به مهاجرین افغان در کشور، اما برخی موارد اختلافی تعمیق همکاری ها میان دو کشور را تحت تاثیر قرار داده و مانع از برقراری روابط کاملا حسنه میان دو کشور می شود. یکی از موارد اختلافی حساس میان دو کشور از گذشته تا به امروز موضوع آب بوده است.