تفاوت دو نرخ صفر مالیات و معافیت مالیاتی در این است که در نرخ صفر، مودی مکلف به ارائه اظهارنامه مالیاتی و ابراز درآمد است و با بررسی اسناد و مدارک ارائه شده، سود مودی تعیین و به جای اعمال نرخ مالیاتی، سود تعیین شده در صفر ضرب می‌شود که معمولا مدت برخورداری از آن در قانون تعیین می‌شود.