سید با آغاز جنگ تحمیلی، با لباس رزم از قزوین به سوی جبهه رو آورد و در کنار شهید دکتر مصطفی چمران در ستاد جنگ های نامنظم به سازماندهی نیروهای مردمی پرداخت. وی شخصاً به مأموریتهای شناسایی رزمی و دشوار می رفت. آزادی منطقه پرحادثه و خطرناک «دُبّ حُردان» به فرماندهی وی در رأس یک گروه متشکل از یکصد رزمنده ممکن شد.