شهرستان نائین در حاشیه جنوبی کویر مرکزی ایران و شمال باتلاق گاوخونی قرار دارد. از جنوب به شهرستان اردکان از توابع یزد، از شرق به شهرستان طبس از توابع استان خراسان و از شمال به دشت کویر و دامغان، از غرب به اردستان وزواره و از جنوب غربی به شهرستان اصفهان محدود می باشد.
