کویر بافق در فرو رفتگی مشرق یزد که در واقع فرو رفتگی اصلی کویر یزد می باشد قرار گرفته است .رودخانه های اصلی این کویر به بخش جنوبی وارد شده و مخروط افکنه های حاشیه ای و معمولا سفید رنگ اطراف این کویر نشان دهنده شوری قابل توجه زمینهای اطراف این کویر می باشد
