شهید آیت الله سید مصطفی خمینی در 21 آذر 1309 ه ش برابر با 21 رجب 1349 ه ق در محله الوندیه شهرستان قم در منزل اجاره ای متولد شد. به مناسبت نام پدر بزرگ پدری اش «شهید سیدمصطفی موسوی» او را نیز مصطفی نامیدند. مادر گرامی اش خانم خدیجه ثقفی در انتخاب این اسم برای فرزندش می گوید:
