با افزایش بازدیدهای گردشگران، چالش‌هایی نیز درباره حفظ پاکیزگی و جلوگیری از آسیب به این محوطه ارزشمند مطرح شده است. حسین سرحدی دادیان ـ مدیر پایگاه میراث‌جهانی شهر سوخته ـ گفت: مهم‌ترین خواهش من از گردشگران این است که هنگام بازدید از محوطه‌های تاریخی، زباله های خود را رها نکنند.
