بانک مهر ایران از کفایت سرمایه بالایی برخوردار است؛ حداقل نسبت کفایت سرمایه که حاصل تقسیم سرمایه پایه به مجموع دارایی‌های موزون شده به ضرایب ریسک است برای بانک‌ها و موسسات اعتباری غیردولتی 8 درصد تعیین شده که در حال حاضر این نسبت در بانک قرض الحسنه مهرایران 18.6 درصد می‌باشد.