دوره اول حوزه علمیه سامرا با ورود امام هادی و امام حسن عسکری(ع) به این شهر آغاز می شود که امام به صورت حضوری و مکاتبه ای به نشر معارف الهی می پرداخت و تعیین وکلا و نمایندگان از طرف ایشان در شهرهای مختلف ایران و عراق و حجاز در حکم گسیل دانشمندان به حوزه های جدید شیعی بود