تأسیس حوزه علمیه
سامرا با ورود امام هادی و امام حسن عسکری(ع) به این شهر آغاز می شود که امام به صورت حضوری و مکاتبه ای به نشر معارف الهی می پرداخت و تعیین وکلا و نمایندگان از طرف ایشان در شهرهای مختلف ایران و عراق و حجاز در حکم گسیل دانشمندان به حوزه های جدید شیعی بود. چنانکه دکتر جاسم حسین بنابر اخبار تاریخی مناطق اعزام نمایندگان امام(ع) را به چهار قسمت عمده تقسیم می کند: ناحیه بغداد، مدائن، سواد و کوفه - ناحیه بصره و اهواز ناحیه قم و همدان ناحیه حجاز، یمن و مصر
،
به عنوان نمونه باید به برخی از رویات اشاره کرد که سوال «محمد بن علی کاشانی » در موضوع توحید و پاسخ امام هادی(ع) رانقل کرده اند و این غیر از ارتباطاتی است که در مورد اخذ وجوهات شرعی انجام می گرفته است.
در مکتب امام هادی(ع) به نکات زیر برمی خوریم: اصالت قرآن نشر کلام شیعی نشر فرهنگ دعا و زیارت برخورد قاطع با دشمن عقیدتی و سیاسی
امام(ع) در جواب نامه ای که از «جبر و تفویض » سؤال شده است جایگاه قرآن و اصالت آن را این گونه بیان می دارد: «بدانید خدایتان رحمت کند که ما در روایت و اخبار بسیاری که وارد شده نگریستیم و چنین یافتیم که آنچه همه فرق اسلام که خدا را می شناسند نقل کرده اند از دو گونه خارج نیست یا حق است که باید پذیرفت یا باطل است که باید رد کرد.
و امت همه اتفاق دارند که «قرآن » نزد همه فرقه های اسلام حق است. همگی به حقانیت آن اعتراف دارند و در این مساله به حقیقت رسیده و حق را یافته اند چون پیغمبر(ص) فرموده: «امت من همه با هم گمراه نشوند» و خبر داده که «آنچه مورد اجماع امت باشد حق است به شرط اینکه هیچ اختلافی درمیان نباشد» و قرآن حق است و درباره نزول آن از جانب خدا و درستی اش اختلافی نیست. پس اگر حدیثی مورد تصدیق و تایید قرآن بود و جمعی از امت منکر شدند به ناچار باید دست از انکار بکشند و بدان اقرار کنند به حکم اینکه همه صحت قرآن را پذیرفته اند. و اگر به جحد و انکار ادامه دهند محکوم به خروج از دین اند.
آن گاه نخسین خبری را که مورد تصدیق قرآن کریم است آورده و قرآن را بر صحت آن گواهی گرفته است و آن حدیث جز حدیث «ثقلین » نیست که با آیه «انما ولیکم الله » راست می آید»
امام علی النقی(ع) با توجه به ماجرای مرموز صوفیه در عصر خویش که مردم را از حضور سیاسی و عبادت واقعی دور می دارند با نشر فرهنگ دعا و زیارت و با عرفان ناب شیعی به ستم ستیزی و دشمن شناسی می پردازد و لزوم دوستی اهل بیت عصمت را یاد آور می شود.
امام علی النقی(ع) پس از بیست سال تبعید در سامرا در سال 254 هجری با زهر به شهادت می رسد و امام حسن عسکری(ع) امامت امت رابر عهده می گیرد دوره امامت امام حسن عسکری(ع) همه در سامرا سپری شده است و از این رو به ایشان «عسکری » می گویند حضور امام در این شهر می توانست برای حوزه علمیه سامرا نقش آفرین باشد لیکن امام همواره تحت نظر بود و شیعیان کمتر می توانستند با ایشان ملاقات کنند.
پس از شهادت امام حسن عسکری(ع) حضرت مهدی(عج) به امامت رسید که دوران امامت ایشان به دو عصر غیبت صغری و کبری منجر گردید و در عصر غیبت صغری نواب خاص ایشان عموما در بغداد سکنی گزیدند و حوزه سامرا از رونق افتاد.
