این غار مهم ترین غار منطقه به حساب می آید که در بیدگل واقع است و از طریق فارسان قابل دسترسی می باشد. این غار مسیر باریک و درازی داشته و در میان آن دریاچه زیبایی وجود دارد. در نزدیکی این غار چشمه ای از داخل زمین می جوشد. غار آقا سید عیسی نیز مانند پیرغار دارای اهمیت مذهبی بوده و مورد احترام اهالی منطقه است.