مختار فرزند ابوعبید بن مسعود ثقفی است، او در سال اول هجرت متولد شد. پدرش ابوعبید از اجله ی اصحاب رسول خداست که در سال سیزدهم هجرت والی عراق گردید، و در یوم الجسر (1) با فرزندش جبربن ابی عبید در اوایل خلافت عمر بن خطاب به قتل رسید. مادرش رومه دختر وهب بن عمر بن معتب است .