آیة اللّه بروجردی در مسأله ولایت فقیه نظریه ای وسیع داشت. وقتی تصمیم گرفت در کنار مرقد شریف حضرت معصومه علیهاالسلام ، مسجد اعظم را بنا کند، در مورد زمین این مسجد به مقبره هایی برخورد شد که می بایست خراب گردند تا ضمیمه مسجد شوند. این مقبره ها خریدنی نبودند، یا ورثه بعضی از مقابر مشخص نبودند. ایشان دستور دادند که همه را خراب کنند.
