نوزادان مبتلا به بیماری ریفلاکس معده به مری ممکن است علاوه بر ریفلاکس و برگرداندن شیر علائم زیر را نیز داشته باشند: دادن قوس به کمر و حرکات غیرطبیعی در گردن و چانه، اختلال در بلع، تحریک‌پذیری، از دست دادن اشتها یا امتناع از شیر خوردن، عوارضی مانند خوب وزن نگرفتن، سرفه یا خس‌خس سینه و استفراغ
