دانشمندان واحد 731 از طریق تجاوز و بارداری ناخواسته زنان نیز آزمایش هایی را انجام می دادند. به عنوان نمونه، به زندانیان مرد مبتلا به سیفلیس گفته می شد تا به زندانیان زن و همچنین زندانیان مرد تجاوز کنند تا چگونگی پخش شدن این بیماری در بدن مطالعه و بررسی شود.