وزارت کشور نیز مخالفت خود با طرح پیشنهادی شورای عالی استانها را اعلام کرده است. علی زینیوند معاون سیاسی وزارت کشور درباره دلیل مخالفت وزارت کشور، گفت:« مردم این دوره شوراها را برای چهار سال انتخاب کردهاند و وزارت کشور با تمدید دوره فعلی شوراهای اسلامی شهر و روستا مخالف است اما مجلس نهاد قانونگذاری است و هر قانونی تصویب شود ما مجری آن خواهیم بود