حجت الاسلام نایینی از مدرسین حوزه با اعلام این خبر نوشت: هجرت برای همه ماهیتی انسان ساز دارد.به خصوص که به هم افزایی دو حوزه نجف اشرف و قم بیانجامد؛ ممکن است در هریک از این دو حوزه بخشی از شخصیت یک طلبه شکل بگیرد. بخصوص الان که زمینه تدریس که رکن مهم طلبگی است در قم محدود شده نجف می تواند تکیه گاه خوبی برای مشتاقان تدریس شود. امروز حاج سید علی خمینی که در قم نیز مدرس سطح عالی بود به نجف اشرف مهاجرت کرد؛ شاید برای چند سال. امیدوارم در آن دیار شکوفاتر شود.
سید علی از جمله نوه های بسیار مورد توجه امام بود و ایشان در ابتدای کتاب صحیفه سجادیه که در کودکی به وی اهدا کرده نوشته اند : من این کتاب بزرگ را به فرزند عزیزم که در جبهه او نور و نورٌ عَلى نُور میبینم و آن عزیز که یادگار احمد و از سلاله پاک ائمه اطهار- علیهم سلام اللَّه- و پرورده دامن پاک مادر عزیزش که سلاله پاک ائمه اطهار و از طباطباییها که افتخار فرزندى حسنین را دارند اهدا کردم و امیدوارم او از علماى برجسته و فقهاى متعهد و از عرفاى مجاهد فى سبیل اللَّه در دو جبهه ظاهر و باطن شود و از این کتاب مقدس به طور شایسته بهره مند گردد و پدر پیر خود، خمینى را که عمرى با هواى نفس و عصیان و ناسپاسى گذرانده و اکنون با روى سیاه و کوله بارى از معصیت بدون هیچ امید- مگر به فضل خداى رحمان- از این دار و دیار به دار و دیار دیگر میرود از طلب رحمت و دعایى و بخشش گناهان بر او منت نهد.