حوزه علمیه مدینه منوره به دوره های مختلف و اعصار گوناگون تقسیم می شود و یکی از مهمترین و پرتحرک ترین حوزه های علمیه شیعه در عصر معصومین علیهم السلام است. البته با به انزوا کشاندن امامان شیعه از رونق حوزه مدینه کاسته گردید، لیکن هنوز بعد از گذشت هزار و چهار صد سال به حیات خود ادامه می دهد،هر چند رژیمهای سیاسی حاکم بر آن تنگ می گیرند.