هنگام بحث از رهبری امام مهدی علیه السّلام در آخر زمان، باید دوران غیبت کبرا و دوره ظهور حضرت را جداگانه مورد بررسی قرار داد؛ زیرا رهبری او در عصر غیبت به گونه غیر مستقیم و از طریق نیابت های مقطعی صورت می گیرد. اما در عصر ظهور، رهبری حضرت مهدی بدون واسطه نایبان است و بسا با مدعیان علم و نیابت پیامبر در ستیز خواهد بود.