گرچه با الزام استقرار گمرک در مبادی ورودی مناطق آزاد، اجرای این تکلیف در دستور کار قرار دارد ولی آنطور که رئیس کل گمرک ایران میگوید با وجود تلاشهای انجام شده به دلیل گستردگی مناطق آزاد و شرایط خاصی که بر آنها حاکم است، استقرار گمرک بسیار سخت بوده و در حال حاضر وضعیت چندان راضیکننده نیست.