به گزارش مشرق، سردار «حسین علایی» فرمانده قرارگاه نوح در دفاع مقدس و اولین فرمانده نیروی دریایی سپاه در خاطراتش با اشاره به چگونگی ورود شهید مهدی باکری به سپاه روایت می‌کند: بعد از شهادت مهدی امینی (28 خرداد 1360)، به دنبال جایگزینی برای او بودم به حسین تحویلداران، از دوستان همراهم در سپاه ارومیه گفتم: «به مهدی باکری پیشنهاد بده که اگر آمادگی دارد، جای مهدی امینی بیاید و پرچم او را به دست بگیرد و فرمانده عملیات شود.»
آن موقع، مهدی باکری در جهاد سازندگی استان آذربایجان غربی شاغل بود. تحویلداران با مهدی باکری صحبت کرد و او هم پذیرفت. من برای انتقال مهدی باکری به سپاه نزد آیت الله سید علی اکبر قریشی، نماینده امام در جهاد سازندگی رفتم و پیشنهادم برای انتقال او به سپاه را مطرح کردم. ایشان چندان راضی نبود؛ چون باکری، مهندسی توانا باسواد و با انگیزه خدمت به مردم بود و جهاد سازندگی به این‌گونه نیروها احتیاج داشت. بالاخره رضایت ایشان را گرفتم و باکری را به سپاه آوردم و او را به عنوان فرمانده عملیات به سایر اعضای سپاه ارومیه معرفی کردم.
این انتصاب بدون هماهنگی با ستاد مرکزی سپاه در تهران انجام شد. نیازی هم به هماهنگی نبود؛ چون این‌گونه انتصاب‌ها در اختیار فرمانده سپاه استان بود. جوسازی‌ها و مخالفت‌هایی برای انتقال ایشان به سپاه شد که من در مقابل آنها مقاومت کردم. وقتی باکری را به سپاه آوردم، جوی که ضد ایشان بود از بین رفت و آقای حسنی، امام جمعه ارومیه، با اینکه مخالف فرمانده سپاه سابق ارومیه بود با آمدن مهدی باکری مخالفتی نکرد.
مهدی باکری و مهدی امینی چند تفاوت با هم داشتند؛ یکی از تفاوت‌هایشان این بود که امینی به برخی امور خیلی حساس بود و سریع در مقابل آنها از خود واکنش نشان می‌داد؛ اما مهدی باکری بسیار صبور و با حوصله بود. این تمایز برای من جالب توجه بود. هر دوی آنها جاذبه‌های خاص خود را داشتند.
مهدی باکری در اواخر زمان شاه و نزدیک پیروزی انقلاب از ارومیه به تهران اسلحه جابه جا می‌کرد تا اگر کار مردم به درگیری‌های مسلحانه انجامید، حداقل چند نفر سلاح کمری داشته باشند. او با سلاح‌های انفرادی و خمپاره‌انداز آشنا بود. باکری خیلی مدبرانه عمل می‌کرد.
