سیدعباس صالحی - وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی - در جدیدترین توئیت خود نوشت:«مرجعیت پشتوانه حفظ هویت شیعی است. مواظب باشیم مراجع پاک‌زیست را با تابلوی دغدغه مقدس حفظ نظام، موهون نکنیم و میراث تاریخی تشیع را به تاراج نسپریم. »
در پی انتشار تصاویری از دیدار آیت‌الله شبیری زنجانی با برخی شخصیت‌های سیاسی که در فضای مجازی منتشر شد، آیت‌الله یزدی نامه‌ای انتقادی را منتشر کرد. همین نامه باعث شد که برخی از شخصیت‌ها از جمله سیدعباس صالحی - وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی - و علی مطهری - نایب رییس دوم مجلس شورای اسلامی - واکنش‌هایی داشته باشند و یک نفر از اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در پی این نامه استعفای خود را اعلام کند.
در متن نامه آیت‌الله یزدی به آیت‌الله العظمی شبیری زنجانی آمده بود: «... پیرو انتشار تصاویری در فضای مجازی از حضرتعالی در کنار برخی افراد مسئله دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری «دام ظله العالی» احترامی قائل نیستند، بدین وسیله به عرض می‌رساند، این موضوع ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان را در پی داشته است.
لازم به ذکر است، اینجانب نیز در دو مرحله با حضرتعالی مکاتباتی در مورد برخی از مسائل دیگر داشته‌ام که جواب قانع کننده‌ای دریافت نکردم؛ لذا این نامه را به ناچار به صورت سرگشاده خدمتتان ارسال کردم.
چگونه می‌شود، حضرتعالی که فرصتی برای ملاقات با هیات رئیسه مجمع عمومی اساتید را ندارید، فرصت می‌کنید در منزل آقایی در تهران حاضر شوید و با این آقایان ملاقات داشته باشید!
یادآور می‌شوم مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد. ان شاء الله»
علی مطهری، فرزند شهید مرتضی مطهری، ازجمله شخصیت‌هایی بوده که تاکنون به نامه آیت‌الله یزدی به آیت‌الله شبیری زنجانی واکنش نشان داده است.
در نامه علی مطهری آمده است: «به عرض می‌رساند مقام و احترام یک مرجع تقلید صرفاً در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم نیست، بلکه بیشتر بستگی دارد به رفتار او در مقابل آن نظام که کارهای درست آن را تأیید کند و از کارهای نادرست آن انتقاد و از حقوق مردم دفاع کند. اساساً احترام هرکس تابعی از احترام و پایبندی او به حق و عدالت است. این تفکر شما ناشی از این فکر غلط است که نظام را معصوم می‌دانید.
علاوه بر این، مسئله طرفینی است، یعنی همان طور که مقام و احترام یک مرجع تقلید در سایه احترام او به نظام اسلامی حاکم است، احترام نظام اسلامی نیز در سایه احترام آن به مرجعیت است.
مسئله استقلال روحانیت و حوزه علمیه و مراجع تقلید از دولتها و حکومتها، مسئله‌ای است که سابقه طولانی در تاریخ تشیع دارد و به شدت مورد تأکید امام خمینی(ره) و شهید آیت‌الله مطهری حتی برای دوره جمهوری اسلامی بوده است. از نظر شهید مطهری روحانیت شیعه از نظر روحی متکی به خدا و از نظر اجتماعی متکی به مردم است و همیشه از دولتها جدا و در کنار مردم بوده است. این ویژگی حتی در جمهوری اسلامی نیز باید رعایت شود و روحانیت نباید دولتی و حکومتی شود.»
همچنین در پی این نامه آیت‌الله عندلیب همدانی از عضویت در جامعه مدرسین استعفا کرد.
