به گزارش "ورزش سه"، ناگاتومو 32 ساله، 109 بازی ملی برای تیم ملی کشورش انجام داده و 3 گل ملی نیز در کارنامه اش به ثبت رسانده است. او به همراه ژاپن در جام جهانی 2010، جام جهانی 2014، جام کنفدراسیون‌ها 2013، جام ملت‌های 2011، جام ملت‌های 2015 و جام ملت‌های 2019 شرکت داشته و یک قهرمانی آسیا و یک نایب قهرمانی آسیا در کارنامه اش دارد.
ژاپن در رقابت های سال 2019 موفق به کسب عنوان نایب قهرمانی شد و حال ناگاتومو اعلام کرد که احتمالا این رقابت ها اخرین حضور او در تیم ملی ژاپن بوده است.
او گفت:" مدیران هستند که باید در مورد آینده بازیکنان با تجربه ژاپن تصمیم گیری کنند. به نظرم اگر قهرمان جام ملت‌ها می‌شدیم، روحیه خوبی می‌گرفتیم ولی ما موفق به قهرمانی نشدیم و حالا نایب قهرمانی ارزشی ندارد. شاید این رقابت‌ها، اخرین حضور من در تیم ملی ژاپن بوده باشد.
دیگر رقبا با هم فرقی نمی‌کنند. قطر بالاتر از عربستان سعودی، کره و ژاپن که در جام جهانی تابستان گذشته حضور داشتند قهرمان شد. اگر سهمیه آسیا همچنان 4 یا 5 تیم باشد، دیگر نمی‌دانم که قادر به صعود به جام جهانی باشیم یا نه."
