با وجود آنکه روزنامه‌های دوران انقلاب همگی از تیرباران هویدا در برابر «جوخه اعدام» سخن گفته بودند؛ اما بعد از گذشت چند سال روایت‌های دیگری از چگونگی مرگ نخست‌وزیر دوران پهلوی مطرح شد. از آن جمله ابراهیم یزدی، وزیر امور خارجه دولت موقت بود که روایتی دیگر ارائه داد.
یزدی در خلال بیان خاطراتش درباره اعدام هویدا گفت: «وقتی هویدا را از پادگان جمشیدیه به مدرسه رفاه آوردند، به من گفت که فلانی من حرف‌های زیادی دارم که باید بزنم. این خیلی طبیعی بود. فردی که 14 سال نخست‌وزیری یک نظام را برعهده داشته است، اطلاعات بسیار گسترده‌ای از درون نظام داشته باشد.
پیش‌فرض من این است که می‌خواست راجع به نظام گذشته حرف بزند. من با توجه به اینکه اطرافیان شاه یک عداوت خاصی با هویدا پیدا کرده بودند و به‌همین‌دلیل او را به زندان انداخته بودند، نگران بودم که در آن اتاقی که همه فرماندهان نظام قبل در آن بودند، او را در آن اتاق خفه بکنند؛ بنابراین من در مدرسه رفاه یک اتاق دیگری را ترتیب دادم که هویدا را آنجا تنها نگهداری کنند.
من به آقای خمینی گفتم که هویدا اسرار زیادی دارد. زمانی می‌شود که ما می‌گفتیم خاندان پهلوی فاسد بودند و روابط کثیفی داشتند. خب ما مخالف بودیم و می‌توانستیم هر حرفی را بزنیم؛ اما نخست‌وزیری که 14 سال مسئول بوده است، می‌خواهد حرف بزند. باید بگذاریم حرفش را بزند. آقای خمینی پیشنهاد من را پذیرفت. به خلخالی گفت: همان جور که فلانی می‌گوید، عمل کنید».
روایت ابراهیم یزدی
دکتر یزدی در پاسخ به پرسشی درباره نحوه اعدام هویدا گفته بود: «هنگامی که هویدا شروع کرد که بگوید در دوران 14ساله زمامداری او به‌عنوان نخست‌وزیر شاه چه اتفاقاتی افتاده است و خاطراتش را بیان بکند، رئیس جلسه به دادگاه تنفسی کوتاه می‌دهد.
موقعی که هویدا به راهروی دادگاه می‌آید، یکی از آقایان روحانی که آنجا بوده و من مایل نیستم الان اسم او را ببرم، در راهرو با هفت‌تیر کمری خودش او را می‌کشد. به‌این‌ترتیب آقای هویدا را می‌برند روی صندلی‌اش می‌نشانند و عکس بر‌می‌دارند و حکم اعدامش را برایش قرائت می‌کنند و بعد می‌برند. اصلا چنین چیزی نبود که اعدامش بکنند».
روایت عباس میلانی
عباس میلانی هم در کتاب «معمای هویدا» روایتی مشابه روایت یزدی را مطرح کرده است. میلانی در این کتاب روایت مرگ هویدا را این‌گونه بیان می‌کند: «به محض آنکه پای هویدا به حیاط رسید، یکی از کسانی که در پشت سرش می‌آمد، هفت‌تیری به دست گرفت و گلوی هویدا را نشانه رفت و دو تیر خالی کرد.
هویدا به زمین افتاد و خون از رگ گردنش فواره می‌زد.... هویدا که می‌دانست زخمی مهلک برداشته، به شخصی به نام کریمی که در صف همراهان خلخالی بود، رو کرد و به تمنا خواست که جانش را بستاند. کریمی هم ظاهرا از سر لطف، هفت‌تیر را به دست گرفت و تیر خلاصی بر جمجمه هویدا زد....
به اعتبار عکس‌هایی که از جسد هویدا منتشر شد و همچنین به استناد گزارش رسمی پزشکی قانونی و مشاهدات دکتر فرشته انشاء می‌توان گفت که بی‌شک هویدا را نه یک جوخه اعدام، بلکه سه گلوله هفت‌تیر کشت».
او همچنین می‌نویسد: «در جلسه دوم محاکمه هویدا، بعد از خواندن رأی هیئت‌منصفه از سوی خلخالی، هنگامی که هویدا و مأموران در حال خروج به سمت حیاط بودند، یکی از همراهان هویدا با استفاده از کلت، دو گلوله به او شلیک کرد.
مرگ هویدا می‌توانست دردناک و کند باشد؛ از‌این‌رو هویدا از یکی از مأموران خواست تا کارش را یکسره کند و آن مرد هم پذیرفت و سومین گلوله را در سر هویدا شلیک کرد». میلانی همچنین مدعی می‌شود: «برخی می‌گویند که خلخالی به هویدا تیراندازی کرد؛ درحالی‌که بقیه فردی به نام غفاری را پناهکار اعلام می‌کنند».
روایت رئیس وقت زندان قصر
اصغر رخ‌صفت، رئیس وقت زندان قصر، در‌این‌باره می‌گوید: «در آن دوره آقای هادی غفاری بدون آنکه مسئولیتی داشته باشد، به زندان قصر رفت‌و‌آمد داشت، متهم می‌برد و می‌آورد. اسلحه می‌برد و می‌آورد. در روز دادگاه هویدا که او را به حیاط پشت زندان برده بودند و هادی غفاری با یک تیر هویدا را پیش از اعلان حکم کشته بود، یادم است وقتی صدای تیر در یک وقت غیر‌متناسب آمد، بسیار ترسیدم. وقتی سمت صدای تیر رفتم، فهمیدم آقای غفاری هویدا را کشته است!».
روایت نماینده مردمی حاضر در دادگاه هویدا
ابوالفضل حکیمی، نماینده مردمی حاضر در دادگاه هویدا، هم در‌این باره گفته است: «مدتی که گذشت، تنفس دادند و هویدا را از درِ پشتی دادگاه خارج کردند. من به دنبال ایشان رفتم. هویدا را از پله‌ها پایین برده بودند. آن بخش از ساختمان زندان قصر یک حیاط کوچک بود که در انتهایش دو اتاق شبیه سلول انفرادی وجود داشت.
ناگهان از سمت سلول‌ها صدای گلوله آمد. لحظاتی بعد آقای خلخالی و آقای غفاری از آن اتاق خارج شدند. آقای غفاری یک کلت کمری در دست داشت و خلخالی با سرزنش به او می‌گفت: دستت چرا می‌لرزید؟ فهمیدم هویدا را کشته‌اند».
انکار ادعا‌ها از سوی هادی غفاری
اما هادی غفاری این ادعا‌ها را رد می‌کند و این گزاره را که او به هویدا تیراندازی کرده است، حاصل «داستان‌سرایی» میلانی می‌داند. او در سال 97 در گفت‌وگویی با خبرگزاری «ایرنا» در پاسخ به موضوعاتی که عباس میلانی مطرح می‌کند، گفته بود: «همه‌اش داستان‌سرایی است. میلانی کسی است که از بیرون می‌خواهد انقلاب را ترسیم کند.
با خواندن نوشته‌های او می‌توان پی برد که حرف‌ها و مستندات او خیال‌پردازی و اتهام‌زنی صرف است. میلانی چیزی شنیده است و دارد تحلیلش می‌کند».
غفاری در این گفتگو درباره نقش خود در دادگاه هویدا هم گفته است: «من هیچ نقشی در این پرونده نداشتم، هرکس این حرف را می‌گوید، او را به روز قیامت حواله می‌دهم. جرمم فقط این بود که در دادگاه علنی 10 دقیقه به‌عنوان تماشاچی حضور داشتم. من اسمم از خودم بزرگ‌تر است.
آن‌ها منتظر هادی غفاری بودند. تا به دادگاه رسیدم، یکی از آقایان دادگاه بلند شد و من را در صف اول دادگاه جای داد و نزدیک هویدا نشاند. بعد که تقریبا دادگاه داشت تمام می‌شد و متهم را بیرون بردند، بلند شدم و رفتم. این همه ماجرا بود؛ اما اینکه قاتل هویدا کیست، قاتل کسی است که حکم را می‌دهد و حکم را جناب آقای خلخالی دادند.
من نه می‌خواهم دفاع و نه خدشه‌ای وارد کنم». او در پاسخ به این پرسش که حدس می‌زنید چه کسی به هویدا شلیک کرد، می‌گوید: «هیچ‌کس جز آقای خلخالی و خدا نمی‌داند چه کسی هویدا را کشته است. هرکس [چیزی]بگوید دروغ گفته است».
غفاری همچنین در سال 93 در مراسم روز دانشجو در دانشگاه علوم پزشکی شیراز در پاسخ به پرسش یکی از دانشجویان مبنی بر آنکه آیا شما هویدا را پیش از محاکمه زدید، گفت: «این دروغ است. این را عباس میلانی درآورده است؛ اما برای من سؤال است. ببینید جریان اصولگرایی به کجا رسیده است که شما به اعدام یک جنایت‌کار فاسد که 13 سال خون مردم را در شیشه کرده بود، اعتراض می‌کنید».
روایاتی درباره محل دفن هویدا
درباره محل دفن امیرعباس هویدا هم روایت عباس میلانی متفاوت است. او در کتاب معمای هویدا می‌گوید: «دکتر گرمان (دکتر پزشکی‌قانونی) می‌گفت: دو راه‌حل پیشنهاد می‌کنم، می‌توانم جسد را بسوزانم... یا جسد را مدتی در سردخانه پزشکی‌قانونی، در جایی امن، حفظ کنم و وقتی آب‌ها از آسیاب افتاد، با شما (دکتر فرشته انشاء) تماس خواهم گرفت.... جسد هویدا به‌راستی سه ماه در سردخانه ماند.... بعد از این مدت دکتر گرمان با خانواده انشاء تماس گرفت و از آن‌ها خواست که برای بردن جسد مراجعه کنند.... خانواده انشاء مراسم کفن‌و‌دفن را به‌سرعت انجام دادند.... چند ماه بعد بالاخره سنگی بر گور هویدا گذاشتند. تازه در آن زمان هم نام واقعی‌اش را بر سنگ ننوشتند و تنها به اشاره غیرمستقیم به هویت کسی که آنجا در خاک خفته، بسنده کرده‌اند».
اما غفاری روایتی دیگر را مطرح می‌کند: «قبر هویدا در شهر عکا در منطقه تحت سلطه اسرائیل قرار دارد. مطلع هستم که خانمی که گویا خواهر هویدا بود، به خلخالی زنگ زد و خواستار انتقال جنازه هویدا شد. در جلسه‌ای با خلخالی درباره محل دفن هویدا صحبت کردیم.
چون مردم در اوج عصبانیت از رژیم شاه بودند و گاهی اوقات سنگ قبر‌های (عوامل رژیم) را خُرد می‌کردند. بیم آن می‌رفت با دفن هویدا، مردم شبانه جنازه او را درآورده و آتش بزنند یا بی‌حرمتی کنند؛ به‌همین‌دلیل باید فکری برای محل دفن نخست‌وزیر رژیم شاه می‌کردیم.
خانمی که ظاهرا خواهر هویدا بود، به خلخالی زنگ زد و گفت: می‌خواهیم جنازه را ببریم. خلخالی با حاج‌احمد آقا در‌این‌باره تماس گرفت و حاج‌احمد آقا هم از امام پرسیدند. ظاهرا امام فرموده بودند هر کجا خواستند ببرند. آن‌طور که شنیده‌ام، جنازه هویدا را به پزشکی‌قانونی بردند و بدنش را مومیایی و سپس به ترکیه منتقل کردند و از آنجا هم به محلی به نام حظیره‌القدس عکا که آرامگاه بهائیان است، بردند. چند روز پیش مصاحبه‌ای در تلویزیون پخش شد. فردی از همکاران هویدا می‌گفت که او به هیچ مذهبی معتقد نبود».
