ادموند آیرونساید ژنرال انگلیسی در 25 دی ماه 1299 رضاخان را به عنوان فرمانده قوای قزاق انتخاب کرد. تنها پس از 33 روز دیگر کودتای سوم اسفند به رهبری سیاسی سید ضیا ءالدین طباطبایی و فرماندهی نظامی رضاخان در ایران رخ داد. رضاخان که قبل از دی ماه 1299 نامی در سیاست ایران نداشت، توانست در کمتر از پنج سال، سلسله قاجار را منقرض کند و بر تخت پادشاهی در ایران تکیه زند.
او برای رسیدن مقاصد خود از هیچ اقدامی حتی قتل دریغ نمی کرد. یکی از این رجال و سیاست مداران ایرانی که مانع رضاخان بود، کسی جز شهید سیدحسن طباطبایی قمشه معروف به مدرس نبود. رضاخان برای اینکه مدرس را از سر راه بردارد دست به ترور وی زد و در این امر توفیق نیافت.
دلیل ترور ناکام مدرس توسط رضاخان
شهید مدرس یکی از مخالفان سرسخت کودتای 1299 رضاخان بود که به دلیل اعتراض، مدتی را در زندان گذراند. او بعد از آزادی از زندان، به عنوان نماینده مردم تهران در مجلس چهارم انتخاب شد.
چهارمین دوره مجلس شورای ملی، روز اول تیرماه 1300 گشایش یافت. در این دوره، مدرس نایب رئیس اول مجلس شد و با اعتبارنامه نمایندگان موافق قرارداد 1919 به شدت مخالفت کرد و مانع تصویب اعتبارنامه برخی از آنان شد.
وی در این دوره، رهبری اکثریت مجلس را بر عهده داشت و غالباً در غیاب رئیس، مجلس را اداره می کرد. رویارویی شهید مدرس با رضاخان سردار سپه در همین زمان رخ داد؛ مقابله ای که تا پایان عمر مدرس ادامه داشت.
سردار سپه، وزیر جنگ شد اما مداخلات بی پروای او در همه امور مملکت، کاسه صبر نمایندگان را لبریز کرد تا جایی که آیت اللّه مدرس در نطق 12 مهر 1301 مجلس شورای ملی، با انتقاد شدید از سردار سپه گفت: «اما امنیت، امنیت در مملکت است، منتهی به دست کسی است که اغلب ماها از او خوشوقت نیستیم. چرا در پس پرده حرف می زنید؟ مگر شما ضعف نفس دارید؟ چرا حرف نمی زنید و دل خودتان را می لرزانید؟ مگر می ترسید؟...ما که از رضاخان ترسی نداریم. چرا حرف خودمان را در پرده بگوییم؟ باید بدون ترس و بی پرده گفت، ما که قدرت داریم سلطنت را تغییر بدهیم، قدرت داریم، رئیس الوزراء را عزل کنیم، رضاخان را هم تغییر می دهیم...»
مدرس در پنجمین دوره قانون گذاری مجلس شورای ملی نیز از جانب مردم به نمایندگی مجلس انتخاب شد. رضاخان در این دوره، تلاش داشت به مقام نخست وزیری برسد و با وجود اینکه احمد شاه قاجار مایل نبود، فرمان نخست وزیری رضاخان را صادر کند، سرانجام در نهایت ضعف و ناچاری، فرمان نخست وزیری رضاخان را صادر کرد و برای اینکه مرد میدان نبود، ایران را ترک و راهی فرنگ شد و عرصه را برای کسب قدرت رضاخان هموار کرد.
سردار سپه پس از کودتای 1299 همواره رویای حکومت مطلقه ایران را در سر می پروراند. اولین طرحی که برای هدف خود برگزید، تغییر رژیم سلطنتی ایران به حکومت جمهوری بود.
مخالفت مدرس با جمهوری رضاخانی
پنجمین دوره مجلس شورای ملی با مخالفت در مورد تصویب اعتبارنامه وکلای فرمایشی آغاز شد و توانست مانع از تصویب اعتبارنامه علی دشتی و نوری زاده شود. توفیق آیت الله مدرس در رد اعتبارنامه نمایندگان سفارشی رضاخان در مجلس، خشم سیدمحمد تدین رهبر موافقان سردار سپه در مجلس را برانگیخت و بین شهید مدرس و تدین در مجلس، جنگ لفظی شدیدی درگرفت. در پایان این جلسه، حسین بهرامی به تحریک تدین سیلی محکمی به گوش مدرس زد.
اما انتشار خبر سیلی خوردن مدرس، بزرگ ترین عامل برهم زننده جمهوری شد. رضاخان گفته بود که این بهرامی با یک سیلی، اساس جمهوری ما را برهم ریخت.
به هر ترتیب، طرح جمهوری شکست خورد و در هفتم مرداد 1303، مدرس و گروهی از همفکرانش دولت سردار سپه را استیضاح کردند. هفدهم مرداد 1303، روز بررسی استیضاح توسط مجلس شورای ملی، صحن مجلس شاهد درگیری سردار سپه و هوادارانش با مدرس و اقلیت استیضاح کننده بود.
در همین روز مدرس و برخی از اعضای فراکسیون اقلیت، بیرون از ساختمان مجلس شورای ملی مورد ضرب و شتم اوباش طرفدار سردار سپه قرار گرفتند. استیضاح کنندگان در اعتراض به این اقدام ها در جلسه بعدازظهر مجلس که طرح استیضاح بررسی شد، شرکت نکردند و در نتیجه دولت سردار سپه هم رأی اعتماد گرفت.
رضاخان و هواخواهانش پس از آنکه از طرح جمهوری به نتیجه نرسیدند؛ تصمیم گرفتند زمینه را برای تغییر سلطنت آماده کنند اما مدرس نیز بیکار ننشست و رحیم زاده صفوی را به پاریس فرستاد تا احمدشاه را به بازگشت به ایران ترغیب کند.
آیت اللّه مدرس در پیام شفاهی خود به احمدشاه، تاکید می کند حمایتش از سلطنت قاجار و مخالفت او با حکومت رضاخان دلیل شخصی ندارد و یا علاقه اش به خاندان قاجار نیست بلکه او می داند طراحان تغییر سلطنت، در پی آنند تمامی ارکان اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی جامعه ایران را دگرگون سازند.
مدرس پی به یک توطئه خارجی برده بود که می خواهند با تغییر رژیم و تغییر سلطنت نظم اجتماعی، سیاسی و فرهنگی ایران را به هم بزنند تا بتوانند به راحتی بر مردم ایران حکومت کنند.
از این رو می گفت: روزگار و گردش آن چنین پیش آورده است که بزرگ ترین و مقدس ترین مبادی ایمانی ما یعنی آن اصولی که موجب مصونیت اجتماعی و سیاسی قوم ایرانی، استقلال و تمامیت ایران است با بقاء و دوام سلطنت اعلی حضرت توأم گردیده است...اما بر من ثابت است که مقصود دیگران در حال حاضر تغییر رژیم حقیقی است. با تمام معنای آن و تغییر رژیم در تمام شعب اجتماعی و سیاسی... همان چیزها که باعث انتظام رشته های مختلف حیات ملی ما بوده و همان چیزها بوده است که ایرانی را از سخت ترین مخاطرات خلاصی بخشیده است.
روز نهم آبان 1304، مجلس شورای ملی به ریاست سید محمد تدین (نایب رئیس اول) تشکیل شد تا ماده واحده خلع قاجاریه را بررسی کند. مدرس از جمله افرادی بود که در راستای حفظ استقلال سیاسی کشور، به طرح جمهوری رضاشاه اعتراض کرد. مدرس به رغم تلاش وافری که در جهت جلوگیری از استبداد رضاشاه و سلطنت او کرد؛ اما در نهایت نتوانست در این راه موفق شود.
وقتی مخالفان و معاندان مشاهده کردند که فریاد حق طلبی مدرس خاموش نخواهد شد، تصمیم به ترور او گرفتند که این حرکت آنان نافرجام ماند و تیرهای شلیک شده، بازو و کتف مدرس را مجروح کرد و مدرس پس از 64 روز سلامتی خود را بازیافت و در 11 دی ماه 1305 در مجلس حاضر شد. مدرس بعد از این ترور نیز دست از مخالفت ها و اعتراضات سیاسی خود برنداشت و به فعالیت های خود علیه رضاشاه ادامه داد. اما این بار رضاشاه، در اقدامی خصمانه، نه تنها مانع از شرکت وی در انتخابات مجلس هفتم شد، بلکه او را به خواف و سپس کاشمر تبعید کرد. مدرس از زمان دستگیری یعنی از سال 1307 تا سال 1316، در تبعید به سر برد و در نهایت به دستور رضاشاه توسط فردی به نام جهانسوزی به قتل رسید.