زمانی که نادرقلی افشار(1767-1736) ظهور کرده به نادرشاه تبدیل شد به‌زودی با قدرت شمشیر، اشغال‌گران روس و عثمانی را اخراج کرده و کل آذربایجان (از جمله قره‌باغ) دوباره به ایران بازگشتند.
نادر با جنگ‌های 10 ساله(1746- 1736) قدرت سیاسی خود را تثبیت کرد و در مارس 1736، کنگره‌ای در دشت مغان برگزار و نادرشاه شد.
در این کنگره، قبیله زیاد اوغلو، که بیگلربیگی گنجه (قره‌باغ) را اداره می‌کردند و همچنین قبایل اوتوزیکی، کبیرلی و جوانشیر با انتخاب نادرشاه مخالف بودند در نتیجه، به نوشته میرزا آدی گوزال بیگ، وقتی نادر از مخالفت آنها آگاه شد هر چند آنها را مجازات سختی نکرد، اما این قبایل را به سرخس در منطقه خراسان کوچ داد، سپس، تغییراتی در ساختار اداری ایالت بیگلربیگی گنجه (قره‌باغ) ایجاد کرد و پنج ملیک ارامنه قره‌باغ را از زیر فرمان بیگلربیگی گنجه (قره‌باغ) آزاد کرده و آنها مستقیما به شاه ایران مرتبط شدند. نادر با این‌کار، دو هدف را دنبال کرد: از یک طرف، او از ملیک‌های مسیحی قره‌باغ که در جنگ‌های خود علیه امپراتوری عثمانی به او کمک کردند سپاس‌گزاری کرده و از طرف دیگر، طایفه زیاداوغلو را که حاکمیت او را رد کرده بودند مجازات می‌کرد. نادر، سیستم اداری- سرزمینی آذربایجان را تغییر داده و بر طبق نوشته، اف.م.علیف با فرمان او، سرزمین‌های شیروان، گنجه (قره‌باغ)، تبریز...که قبلا نسبتا مستقل و مستقیما تابع شاه صفوی بودند، همه را در یک واحد اداری بزرگ به نام آذربایجان متحد ساخت و برادرش ابراهیم‌خان را به‌عنوان رئیس کل آنها برگزید. چون نادر همیشه در جنگ بود بنابراین، مجبور به حفظ یک ارتش دائمی و قوی بود و به منابع مالی عظیم نیاز داشت. او برای تامین این نیاز، به سیاست گسترش اراضی دولتی از طریق مصادره اراضی فئودال‌های بزرگ و قبایل نیمه عشایری دست زد که قدرت نادرشاه را به رسمیت نمی‌شناختند.
طبق منابع روسی، نادرشاه افشار، ده‌ها هزار خانواده را که در ایران و قفقاز جنوبی زندگی می‌کردند به سرزمین‌های شرقی امپراتوری تبعید کرده و اراضی این خانواده‌ها را به نفع خود مصادره کرد. شکی نیست که قبایل جوانشیر، «اوتوزیکی»، کبیرلی، نیز که زمین‌هایشان به نفع دولت مصادره شده بود، در میان این تبعیدی‌ها بودند که به سرخس در خراسان انتقال داده شدند.
منابع اصلی هزینه جنگ‌های نادرشاه از طریق مالیات بود مالیاتی که به‌شدت افزایش یافته دمار از روزگار مردم درمی‌آورد مالیات بگیران او در جمع‌آوری مالیات چنان بی‌رحم بودند که بریدن گوش، بینی و زبان کسانی که قادر به پرداخت مالیات نبودند امری عادی شده بود! در اثر این جنگ‌های مداوم، مردم از هستی ساقط شده و در دهه 30 قرن هجدهم، مردم منطقه گنجه- قره‌باغ نیز مانند بقیه مناطق ایران، اغلب گرسنه بودند.
براساس گزارش کنسول‌های روسیه، توده‌های مردم از فشار مالیات، عصیان کرده و نیروهای گریز از مرکز افزایش یافتند و کم‌کم قدرت مطلق مثل نمونه‌های بی‌شمار تاریخی، نادر نابغه یا نابغه نادر را نیز از عقل و منطق تهی ساخته به مرز جنون راند به‌طوری که در اواخر به همه سوء‌ظن پیدا کرده بود! در نتیجه، در 28 خرداد 1126با کودتایی به دست چند تن از ژنرال‌های سپاهش در 58سالگی در قوچان به قتل رسید.
هنگامی که قاتلان وارد چادرش شدند نادر از خواب بیدار شد و خواست با شمشیر حمله کند، اما پایش در ریسمان چادر گیر کرد و تا خواست برخیزد، صالح خان ضربتی وارد آورد و یک دست او را قطع کرد سپس محمدخان قاجار، سر او را از تن جدا ساخت و با این قتل، بار دیگر مسیر تاریخ و مرزهای ایران تغییر یافته و تکه پاره شد و ایران به درون غرقابی از هرج‌و‌مرج و خون‌ریزی فرو غلتید...
با کشته شدن نادر در1747 پناه خان و قبیله جوانشیر از تبعیدگاه خود در سرخس خارج شده و به موطن اصلی شان قره‌باغ بازگشتند و پناه خان، خان نشین قره‌باغ را تشکیل داده خود را خان قره‌باغ اعلام کرد.
