سخنان روز پنج‌شنبه فداحسین مالکی، عضو کمیسیون امنیت ملی، مبنی بر اینکه «مدیریت تیم مذاکرات وین احتمالا برعهده دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی خواهد بود و یکی از معاونان امیرعبداللهیان(علی باقری‌کنی) در راس هیات مذاکره‌کننده قرار خواهد داشت» را می‌توان مهر تاییدی بر پیش‌بینی مذکور تعبیر کرد.
پیش از این روز 25آبان ماه سال 99 هفته‌نامه «صبح صادق» که توسط دفتر سیاسی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منتشر می‌شود، همزمان با شروع ریاست‌جمهوری جو بایدن در آمریکا در یادداشتی، خواستار بازگشت پرونده هسته‌ای ایران به شورای عالی امنیت ملی شده بود. در آن یادداشت زیر نظر گرفتن «رفتار آمریکایی‌ها»، جلوگیری از «خسارت‌های ادامه‌دار برجام» و ممانعت از «مذاکره موشکی و منطقه‌ای در دل برجام» علت طرح این درخواست اعلام شده بود.
در ادامه پس از آغاز مجدد مذاکرات برجامی میان ایران و گروه 1+4 در فروردین ماه سال جاری در وین و انجام شش دور مذاکره که تا پایان خردادماه سال جاری ادامه داشت، علی ربیعی، سخنگوی وقت دولت در تیرماه سال جاری از شکل گرفتن کمیته‌ای در شورای عالی امنیت ملی برای تطبیق متن تفاهم شده میان هیات مذاکره‌کننده ایرانی و گروه 1+4 در وین، با قانون برجامی مصوب مجلس شورای اسلامی مصوب آذر 1399 خبر داد.
در پی اعلام این خبر بود که گمانه‌ها مبنی بر بازگشت پرونده احیای برجام به شورای‌عالی امنیت ملی در آن زمان تقویت شد؛ خصوصا که ربیعی اعلام کرد ادامه مذاکرات به دولت سیزدهم موکول شده است.
در همین حال همزمان با آغاز به کار دولت ابراهیم رئیسی و ایجاد تغییرات در تیم مذاکرات برجامی نشانه‌ها از انتقال پرونده برجامی کشور از وزارت امورخارجه به شورای‌عالی امنیت ملی که در حال حاضر ریاست آن برعهده علی شمخانی است، حکایت می‌کند. اما پیش از این هم از زمانی که پرونده هسته‌ای ایران به مهمترین پرونده جامعه جهانی تبدیل شد، شورای عالی امنیت ملی ایران مسوولیت مذاکرات و پیگیری پرونده هسته‌ای را برعهده داشت. تا اینکه سال 92 پس از پیروزی حسن روحانی در انتخابات ریاست جمهوری، او در نخستین اقدام درجهت کاهش تنش‌ها با جامعه جهانی بر سر بحران هسته‌ای، مسوولیت ادامه مذاکرات هسته‌ای جمهوری اسلامی را رسما به وزارت امور خارجه واگذار کرد. در واقع تا قبل از اینکه کار به وزارت خارجه سپرده شود، به ترتیب حسن روحانی، علی لاریجانی و سعید جلیلی، به عنوان دبیران شورای عالی امنیت ملی ایران در دوره‌های مختلف مسوولیت هدایت مذاکرات و پیگیری این پرونده را به صورت مستقیم برعهده داشتند. اما با تصمیم حسن روحانی برای انتقال مسوولیت مذاکرات هسته‌ای به وزارت خارجه، محمدجواد ظریف مرد شماره یک مذاکرات هسته‌ای ایران شد و او با همراهی عباس عراقچی و دیگر اعضای تیم مذاکره‌کننده، گفت‌وگوهایی را که منجر به توافق هسته‌ای یا همان برجام شد، پیش بردند. مسوولیتی که قراراست به زودی بر دوش علی باقری‌کنی، معاون سیاسی امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه و جانشین عباس عراقچی گذاشته شود. هر چند به گفته فداحسین مالکی، عضو کمیسیون امنیت ملی مدیریت پرونده با شورای‌عالی امنیت ملی خواهد بود.
اما علی باقری‌کنی در شرایطی سکان مذاکرات برجامی را در دست خواهد گرفت که پیش از این نیز در معیت سعید جلیلی، دبیر اسبق شورای‌عالی امنیت ملی هدایت مذاکرات هسته‌ای را برعهده داشت و از مذاکره‌کنندگان ارشد ایران بود. مذاکراتی که در آن زمان به نتیجه نرسید. او پس از امضای برجام هم هیچ‌گاه در سخنانش روی خوشی به برجام نشان نداد و بارها مخالفت خود را با توافق هسته‌ای اعلام کرد. شاید به دلیل همین مواضع است که چند روز پیش وزارت خارجه آمریکا در واکنش به تیم جدید مذاکره‌کننده ایران اعلام کرد که «شواهد نشان می‌دهد تیم مذاکره‌کننده جدید ایران چارچوب رایزنی‌های انجام شده در وین را نخواهد پذیرفت.» با تمام اینها آن‌طور که فداحسین مالکی، عضو کمیسیون امنیت ملی در گفت‌وگو با انتخاب اعلام کرده است؛ «هرچند ترکیب تیم مذاکره‌کننده، به طور قطعی هنوز مشخص نشده است و در دبیرخانه شورای‌عالی امنیت ملی مشخص می‌شود، اما این احتمال وجود دارد که باقری‌کنی در رأس تیم مذاکره‌کننده باشد.» او در عین حال گفت: «این‌گونه هم نیست که اگر پرونده به دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی برود وزارت خارجه در حاشیه قرار بگیرد؛ یقینا وزارت خارجه حضور خواهد داشت، اما ممکن است مدیریتش در دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی قرار بگیرد.»
این عضو کمیسیون امنیت ملی در ادامه گفت: «وزیر خارجه یقینا با توجه به مسوولیت‌هایی که دارد می‌تواند ورود پیدا کند. چون شورای عالی امنیت ملی با توجه به وظایف کلان نظام که برعهده دارد ممکن است پرونده را در آن قالب مورد ارزیابی قرار دهد، بنابراین فرقی نمی‌کند در رأس این پرونده، یکی از مدیران ارشد وزارت خارجه قرار بگیرد یا یکی از مدیران ارشد دبیرخانه. در واقع مهم این است که این پرونده با آن استراتژی که اشاره شد در جای خاصی مورد ارزیابی قرار گیرد.» فدایی همچنین گفت: «وزارت خارجه باید بیشتر به سمت ماموریت‌های کلانی که برعهده دارد، برود. البته این به معنای آن نیست که ما وزارت خارجه را در برجام در حاشیه قرار بدهیم. یقینا وزارت خارجه نباید در حاشیه قرار بگیرد.» وی همچنین گفت: «تفاوتی که در این دولت و دولت قبل در ارتباط با پرونده برجام وجود دارد این است که در دولت سیزدهم؛ برجام از اولویت اول نظام خارج شده است یعنی به عنوان یک پروژه مهم مطرح می‌شود و گروهی برای پیگیری این پرونده مشخص خواهند شد و کار را ادامه می‌دهند تا چندان فرسایشی نباشد. پس از آن، وقت و اولویت نظام روی ظرفیت‌های داخلی برای رفع مشکلات مردم که عمدتا اقتصادی است، متمرکز خواهد شد.» فدایی افزود: «صرفا ماموریت وزارت خارجه، برجام نیست، بلکه ماموریت‌های بسیار مهم‌تر از برجام دارد. مهمترین ماموریت آن هم توجه به دیپلماسی کشورهای همسایه و منطقه و کشورهای آسیایی است.»
