گفته می‌شود که حدود 348 مسافر در این قطار در حال عزیمت به یزد بودند. نتایج اولیه بررسی علت این حادثه نیز از برخورد قطار با یک دستگاه بیل مکانیکی که در محل حضور داشته حکایت می‌کند. بنا براعلام اسماعیلی، رئیس کمیسیون عالی سوانح نیز علت بروز این حادثه وجود بیل مکانیکی در کنار خط ریلی و بی‌دقتی در این کارگاه بازسازی خط بوده که سبب بروز حادثه شده است. قرار است اعضای کمیسیون پنج نفره تشخیص سوانح ریلی پاسخ تخصصی خود را در مورد این حادثه اعلام کنند. به دنبال این حادثه ابراهیم رئیسی، رئیس‌جمهور در تماس با استاندار خراسان جنوبی و یزد و فرماندار طبس پیگیر آخرین وضعیت مصدومان و بازماندگان حادثه ریلی طبس شد. او همچنین به وزرای کشور و راه ماموریت داد تا علل خروج قطار از ریل را بررسی و با عوامل بروز چنین حوادث تلخی برخورد شود تا دیگر شاهد چنین مسائلی نباشیم. همچنین به دستور رئیس‌جمهور و تایید وزیر کشور به احترام جان‌باختگان حادثه قطار مشهد - یزد و ابراز همدردی با خانواده حادثه‌دیدگان و مردم یزد امروز در یزد عزای عمومی اعلام شد.
از سوی دیگر در پی دستور رئیسی، احمد وحیدی، وزیر کشور همراه با رستم قاسمی، وزیر راه و شهرسازی برای بررسی ابعاد حادثه در محل حضور یافتند. وزیر راه‌وشهرسازی نیز گفت: به زودی علت وقوع حادثه و مقصران واژگونی قطار مشهد-یزد را به مردم اعلام خواهیم کرد. قاسمی همچنین در صفحه شخصی خود توییتر نوشت: «شرمنده همه مردم عزیر ایران به خصوص داغ‌دیدگان هستم. همکاران بدانند مسوولیت این حادثه بر عهده وزارت راه و شهرسازی است.» وی همچنین تاکید کرد عامل این حادثه خطای انسانی بوده که بیشتر از ناحیه راننده قطار بوده است. در همین حال محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس با تسلیت سانحه تلخ خروج قطار مسافربری مشهد به یزد از ریل، به کمیسیون عمران مجلس برای بررسی ابعاد این سانحه ماموریت داد.
محمدصالح جوکار، رئیس مجمع نمایندگان یزد در مجلس نیز خواستار برخورد با عاملان حادثه خروج قطار مشهد - یزد از ریل شد. از سوی دیگر مهرداد بذرپاش، رئیس کل دیوان محاسبات کشور، هیات ویژه‌ای را مامور رسیدگی به حادثه قطار طبس-یزد کرد. محمد‌جعفر منتظری، دادستان کل کشور نیز دستور پیگیری این حادثه را از سوی دادستان عمومی و انقلاب مرکز استان خراسان جنوبی صادر کرد. محمدحسن نامی، رئیس سازمان مدیریت بحران کشور نیز تروریستی بودن حادثه قطار مشهد - یزد را تکذیب کرد. در ساعات اولیه وقوع این حادثه، مجتبی خالدی، رئیس سازمان اورژانس کشور با حضور در محل حادثه گفت که به دلیل شدت حادثه نمی‌توان اجساد را تشخیص داد. حادثه خروج قطار مسافربری از ریل در شرایطی روز گذشته رخ داد که طی روزهای گذشته دو حادثه دیگر فروریختن ساختمان متروپل آبادان و سرقت از صندوق امانات بانک ملی کشور را در شوک فروبرده است.
