به گزارش سی.ان.ان، او در سال 2020 هم با گاز اعصاب مسموم شده بود اما جان به در برد. این گزارش او را «خاری در پهلوی» ولادیمیر پوتین نامیده و نوشت که او به فساد در عالی‌ترین سطوح می‌تاخت. او به «حزب روسیه متحد» می‌تاخت و تظاهرات ضد فساد را در سال‌های اخیر در روسیه رهبری می‌کرد. او در سال 2021 به روسیه بازگشت اما به اتهام‌های سیاسی دستگیر و روانه زندان شد. او در ماه اوت پس از متهم شدن به تامین مالی کنشگران افراطی و دیگر جرائم به 19 سال زندان محکوم شد. او در یکی از امنیتی‌ترین زندان‌ها محبوس بود. حامیان ناوالنی می‌گویند که دستگیری و زندانی شدن او با انگیزه سیاسی و جلوگیری از انتقاد از پوتین بود. برخی منابع خبری گزارش دادند که او بر اثر لخته شدن خون درگذشت. رویترز نوشت، ناوالنی اوایل دی‌‌‌ماه سال‌جاری بعد از حدود سه هفته بی‌‌‌خبری، در زندانی «بالاتر از مدار قطب شمال» در سیبری پیدا شد. او به اتهام «افراط‌‌‌‌‌‌گرایی» به 19 سال زندان محکوم شده بود و مشغول گذراندن دوره محکومیت خود بود.
به نوشته رویترز، اپوزیسیون روسیه و نهادهای حقوق بشری از حکم طولانی‌‌‌مدت برای او به عنوان بخشی از تلاش دولت ولادیمیر پوتین برای سرکوب و خاموش کردن صدای مخالفان یاد می‌‌‌‌‌‌کردند. خبرگزاری تاس نیز خبر داد که ولادیمیر پوتین، رئیس‌جمهور، در جریان مرگ الکسی ناوالنی قرار گرفته است. منطقه‌‌‌ای که الکسی ناوالنی در آن زندانی بود به خاطر زمستان‌‌‌های سخت و طولانی‌‌‌اش شهرت دارد و حدود صد کیلومتر با ورکوتا، یکی از بدترین مجموعه اردوگاه‌‌‌های کار اجباری «گولاگ» در دوران شوروی، فاصله دارد. یکی از مشاوران ناوالنی در شبکه ایکس نوشته بود که ورود به منطقه زندان و حتی نامه فرستادن «تقریبا محال» است و «این بالاترین سطح منزوی کردن از جهان است». ناوالنی در سال 1399 از مسمومیت با گاز نوویچوک جان سالم به در برده بود. او روز 29 مرداد 99 بعد از آنکه در پروازی از شهری در سیبری به مسکو از حال رفت، در بیمارستان بستری شد، و سپس به آلمان منتقل شد تا به دلیل مسمومیت با گاز اعصابِ «نوویچوک» درمان شود.
