در نهایت قالیباف با 198 رای توانست سکان‌دار مجلس شود. در این انتخابات ذوالنوری 60 رای و منوچهر متکی 5 رای کسب کردند. آرای باطله نیز 24 رای اعلام شد. پیش از اعلام رسمی آرای انتخابات ریاست مجلس، مجتبی ذوالنوری و برخی منتخبان که متوجه پیروزی محمدباقر قالیباف شده بودند، نزد او رفتند و ریاست را تبریک گفتند. اما پس از اعلام رسمی آرای انتخابات ریاست مجلس، محمدباقر قالیباف نزد منوچهر متکی که تنها 5 رای کسب کرده بود، رفت و با او خوش و بش کرد.
در ادامه اسامی نامزدهای نایب رئیسی مجلس از سوی هیات رئیسه اعلام شد. بر این اساس حسینعلی حاجی‌دلیگانی، علی نیکزاد، عبدالرضا مصری، حمید رسایی، موسی غضنفرآبادی و حمیدرضا حاجی‌بابایی برای تصدی کرسی نایب رئیسی مجلس نامزد شدند. پس از رای‌گیری اعلام شد که حمیدرضا حاجی‌بابایی با 175 رای نایب رئیس اول و علی نیکزاد با 169 رای به عنوان نایب رئیس دوم نخستین اجلاسیه دوازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی انتخاب شدند. همچنین عبدالرضا مصری 115 رای، حاجی‌دلیگانی 96 رای، رسایی 35 رای و غضنفرآبادی 16 رای کسب کردند و آرای باطله این انتخابات نیز 2 رای بود. اما پس از انتخابات نواب رئیس، با اعتراض یکی از کاندیداهای نایب رئیسی ظهر روز گذشته با حضور کاندیدای معترض، نماینده مرکز حراست و نماینده اداره‌کل هیات رئیسه مجلس آرا مجددا بازشماری شد.
بر این اساس اگرچه تغییری در نتیجه به وجود نیامد، اما تعداد آرای نامزدها تغییر فاحشی پیدا کرد. با بازشماری آرا اعلام شد که در انتخابات نواب رئیس، حمیدرضا حاجی‌بابایی 154 رای، علی نیکزاد ثمرین 142، عبدالرضا مصری 96 رای، حسینعلی حاجی‌دلیگانی 90 رای، حمید رسایی 36 رای و موسی غضنفرآبادی 14 رای کسب کردند.
بنا بر اعلام روابط عمومی مجلس شورای اسلامی، در شمارش آرا که توسط 4 نفر از نمایندگان انجام شده است اشتباه رخ داده و مغایرت ذکرشده در جدول فوق ایجاد شده است، اما با وجود اشتباه انجام شده در شمارش اولیه، در بازشماری نتیجه انتخابات نواب رئیس (نایب رئیس اول و دوم) هیچ‌گونه تغییری نداشته و آقایان حمیدرضا حاجی‌بابایی و علی نیکزاد ثمرین به ترتیب نایب رئیس اول و دوم هستند. در ادامه نامزدهای دبیران مجلس اعلام شد و 27 نفر برای 6 کرسی دبیری کاندیدا شدند.
در نهایت مجتبی بخشی‌پور با 120رای، احمد نادری با 112رای، روح‌الله متفکرآزاد با 101رای، مجتبی یوسفی با 98رای، محمد رشیدی با 97رای و اکبر رنجبرزاده با 95رای به عنوان دبیران هیات رئیسه انتخاب شدند. همچنین 27 نامزد برای 3 کرسی ناظران هیات رئیسه کاندیدا شدند که غلامرضا نوری‌قزلجه 130رای، علیرضا سلیمی 82 رای و سیدجلیل میرمحمدی 61 رای کسب کردند. بر این اساس 12 عضو هیات رئیسه مجلس دوازدهم در اجلاسیه اول مشخص شدند. در ادامه اعضای هیات رئیسه با حضور در مقابل جایگاه صحن علنی مجلس شورای اسلامی، سوگند یاد کردند. پس از آن قالیباف به عنوان رئیس مجلس در جایگاه هیات رئیسه حضور پیدا کرد.
