پس از مدتی امام جواد (ع) برای گزاردن حج از مامون اجازه خواست و از بغداد به سوی مدینه حرکت کرد. در این سفر ام الفضل نیز آن حضرت را همراهی می کرد.
پس از حرکت امام جواد (ع) به مدینه، مامون در طرسوس درگذشت و مردم با برادرش معتصم بیعت کردند. معتصم آن حضرت را خواست و او را به بغداد آورد. مسعودی در اثبات الوصیة گوید: ابو جعفر (ع) در سالی که مامون به بدندون از دیار روم رفت، همراه با ام الفضل به قصد زیارت خانه کعبه به مکه عزیمت کرد. ابو الحسن علی، فرزند امام که در آن هنگام کوچک بود، نیز با آن امام همراه بود. امام جواد (ع) آن کودک را در مدینه نهاد و خود با ام الفضل به سوی عراق روانه شد. آن حضرت پیش از حرکت به سوی عراق، با ابو الحسن علی سخن گفت و بر جانشینی او پس از خودش تصریح و به او وصیت کرد. مامون در روز پنج شنبه 13 رجب سال 218 هجری، در حالی که 16 سال از امامت ابو جعفر (ع) می گذشت، وفات یافت. و مردم با معتصم، ابو اسحاق محمد بن هارون، در ماه شعبان سال 218 هجری بیعت کردند.
از زمانی که ابو جعفر به عراق بازگشت معتصم و جعفر بن مامون به فکر افتادند با به کار بستن حیله ای آن حضرت را از میان بردارند.
اما شیخ مفید تصریح کرده است که این واقعه در محرم سال 220 هجری بوده است. وی گوید: امام جواد (ع) دو شب مانده از محرم در سال 220 هجری به بغداد وارد شد و در ذی القعده همان سال در آن شهر وفات یافت.
با این وجود مسعودی پیش از این عبارت گوید: امام (ع) همواره در مدینه بود، تا آن که معتصم در آغاز سال 225 هجری او را به بغداد فراخواند. و امام (ع) در آن شهر ماندگار شد تا آن که در آخر ذی القعده همان سال دنیا را بدرود گفت.
نگارنده: اولا: سخن مسعودی که گفته است معتصم او را در سال 225 هجری به بغداد فراخواند، با آنچه بعد از این گفته، منافات دارد. ثانیا: آوردن امام به بغداد در سال 220 هجری با آنچه همه بر آن اتفاق نظر دارند و از جمله شیخ مفید نیز بر آن است که وفات آن حضرت در سال 220 هجری بوده است، منافات دارد. شاید این خطا، در اثر سهو القلمی بوده که از جانب مسعودی یا یکی از ناسخان روی داده است.
