آیة الله نائینی، توجه خاصی به تربیت نفس و تهذیب و آراستن آن به انواع فضایل اخلاقی داشت، نماز شب ایشان هیچ گاه ترک نمی شد، نه در حضر، و نه در سفر.هر کسی که چند روزی ملازم ایشان می گشت، حالات عرفانی و تعبدهای خاص آن مرحوم را مشاهده می نمود، ایشان را در درجه اعلی از وارستگی و تقوی و صلاح و ارشاد و اخلاص می دید، گویا همه چیز در آن وجود جمع گشته بود: علم و فضل و شایستگی و آراستگی به کمال و رشد معنوی و فضایل اخلاقی و معنوی.
در طول سالیان خدمتگزاری به جهان علم و مقام روحانیت، فردی از ایشان یک کلمه ناشایست نشنیده بود.او فردی نبود که حق کسی را ضایع کند یا بی توجه به حقوق دیگران باشد.هرگز اوقات گرانبهایش را بیهوده صرف نمی نمود، او یا مشغول مباحثه مسائل علمی بود، و یا با شرح صدر و گشاده رویی در میان مردم به گفت و شنود و رسیدگی به نیازها و مشکلات آنان اشتغال داشت، همیشه در مصرف، اقتصاد را رعایت می نمود و در صرف بیت المال مسلمانان، روش زهد و تقوی و صرفه جویی را داشت تا آنجا که مقدور بود، از سهم مبارک امام (ع) و سایر حقوق شرعیه استفاده خصوصی نکرده و هزینه زندگی شخصی را از درآمدهای خویش تامین می نمود.او نمونه بارزی از تقوی و صلاح و رستگاری بود، آن چنان که نمونه بارزی از بلند اندیشی در علم اصول و فقه به شمار می آمد.
