حوزه علمیه حقانی در زمان جنگ هشت ساله توانست نقش بسزایی را ایفا کند و شهدایی را تقدیم انقلاب کند.
نهاد دیگری که مدرسه با آن رابطه نزدیک و تنگاتنگ داشته است، بخصوص در مدت هشت سال دفاع مقدس، تیپ 83 امام صادق(ع) بوده است. در زمان جنگ و نبرد، هر وقت از ناحیه تیپ به مدرسه اطلاع می شد که جبهه های نبرد حق علیه باطل، نیاز به اعزام طلبه برای تبلیغ یا هماهنگی نیروها و یا حتی نیروی رزمی دارد، بلافاصله اقدام به مسلح نمودن طلاب می نمودیم. به عنوان نمونه:
هنگامی که از طرف حکومت خائن عراق، با کمک آمریکای جهانخوار به نیروهای موجود در شبه جزیره فاو، شبانه حمله شده بود و نیاز شدید به اعزام طلاب به جبهه وجود داشت، یادم نمی رود که ماه مبارک رمضان بود و مدرسه برنامه های از قبل تعیین شده داشت ومحصلین نیز اشتغال به تحصیل داشتندکه شبانه باتلفن خبر دادندکه نیازشدید به اعزام نیروهای دوره دیده تخصصی طلاب در جنوب است. فردای آن شب، جریان به اطلاع طلاب عزیز مدرسه رسید؛ از این روی، تمام درسهای مدرسه متوقف گردید و حدود نود نفر، با شتاب، درعرض مدت بسیار کم، توسط مسؤولان محترم از جمله مسؤول تیپ 83 امام صادق(ع) سازماندهی وبه جبهه ها اعزام گردیدند. از این نمونه ها بسیار داریم.
در همین راستا متجاوز از بیست نفر از طلاب عزیز مدرسه، پس از انقلاب، در دوران جنگ تحمیلی به مقام رفیع شهادت نائل آمدند که خداوند همه آنان را در مقام قرب خویش پاداش فراوان عطا فرماید. آمین یا رب العالمین.
از دیگر نهادهایی که مدرسه با آن در ارتباط بوده است. دفتر محترم تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم می باشد. در موارد متعددی، به هنگام اعزام طلاب به جبهه های نور علیه ظلمت، مدرسه با آن نهاد، همکاری نزدیک داشته است.
و نیز با دفتر پشتیبانی جبهه و جنگ، مستقر در مدرسه فیضیه قم، که از طرف شورای محترم مدیریت حوزه علمیه قم تعیین گردیده بود، در طول جنگ تحمیلی همکاری لازم برقرار بوده است.
