تاریخچه جواهرات ایران از زمان حکومت صفویه آغاز می‌شود، زیرا تا قبل از صفویه، جواهرات گران‌بهایی در خزانه دولتی وجود نداشته است و براساس‌نوشته‌های سیاحان خارجی، پادشاهان صفوی بیش‌از دو قرن (907 تا1148ق) دست به جمعآوری جواهرات زدند و حتی کارشناسان دولت صفوی جواهرات را از بازارهای هند و عثمانی و کشورهایی مانند فرانسه و ایتالیا خریداری می‌کردند و به اصفهان، پایتخت حکومت، میآوردند.
در پایان سلطنت شاه سلطان حسین و با ورود محمود افغان به ایران، خزاین دولت با حمله افغان‌ها غارت شد و مقداری از آن‌ها که به وسیله محمود افغان به اشرف افغان منتقل شده بود، پس از ورود شاه تهماسب دوم به اصفهان، به چنگ نادر افتاد و از خروج آن‌ها از ایران جلوگیری شد.
بعداً نادر برای پس گرفتن آن قسمت از جواهرات که به هندوستان منتقل شده بود، نامه‌هایی به دربار هند نوشت، اما جواب نامساعد شنید. پس از لشکرکشی نادر به هند (1158 ق)، محمدشاه گورکانی مبالغی نقدینه، جواهر و اسلحه تسلیم نادر کرد. اما بخشی از اموال و خزاینی که نادر از هندوستان به دست آورده بود به ایران نرسید و در راه بازگشت به ایران از میان رفت. نادر پس از بازگشت به ایران، مقدار قابل ملاحظه‌ای از جواهرات را به رسم ارمغان برای امرا و حکام و شاهان کشورهای همسایه فرستاد. هم‌چنین مقداری از اشیای نفیس و مرصع را به آستان حضرت امام‌رضا (ع) تقدیم کرد و مقداری را نیز به سپاه خود بخشید. در 1160 ق، پس از قتل نادر، احمد بیگ افغان ابدالی، از سرداران نادر، دست به غارت جواهرات خزانه نادر زد. از جمله گوهرهایی که از ایران خارج شد و هرگز بازنگشت، الماس معروف کوه نور بود. این الماس در 1266 ق، به ملکه ویکتوریا اهدا شد.
در دوران قاجار مجموعه جواهرات جمعآوری و ضبط شد و تعدادی از جواهرات بر تاج کیانی، تخت نادری، کره جواهرنشان و تخت‌طاووس نصب گردید.
در 1316 ش، قسمت عمده جواهرات به بانک ملی ایران منتقل گردید و پشتوانه اسکناس و بعداً وثیقه اسناد بدهی دولت به بانک بابت پشتوانه اسکناس قرار گرفت. خزانه فعلی در 1334 ساخته و در 1339 با تأسیس بانک مرکزی ایران افتتاح و به این بانک سپرده شد.
این موزه تا قبل از انقلاب فعالیت داشته و بعد از آن تعطیل و دوباره در 1369 برای عموم بازگشایی شد.
جواهرات مهم این موزه الماس دریای نور، تخت طاووس یا تخت خورشید، تخت نادری و کره جواهر نشان است.
موزه جواهرات ملی با مساحتی حدود 1000 مترمربع مجهز به سیستم ایمنی است که توسط آلمانی‌ها ساخته است.
جواهرات شاخص موزه عبارتند از:
دریای نور که درشت‌ترین و زیباترین الماس برلیان در میان گوهرهای سلطنتی ایران و یکی از گوهرهای معروف جهان است. گفته می‌شود این الماس هزار سال پیش کشف و استخراج شده است. وزن آن اکنون هفت مثقال و 20 نخود، یعنی در حدود 182 قیراط، و صورتی است، ولی پیش از تراش، زیادتر از این بوده است. این الماس توسط نادرشاه افشار، جزو هدایای محمد شاه گورکانی و غنایم جنگی از هند به ایران آورده شده و بعد از طی دوران‌های مختلف به دست شاهان قاجاریه رسیده است.
دریای نور تا زمان ناصرالدین شاه در وسط یکی از بازوبندهای سلطنتی نصب می‌شد، ولی در زمان او که استفاده از بازوبند منسوخ شد، آن را به صورت پیش کلاه درآوردند و در قابی زرین با شیر و خورشید و تاج مرصع به 457 قطعه برلیان ریز و عالی و چهار قطعه یاقوت قرار دادند. این الماس برلیان از دو سو تراش خورده و به شکل هرم مثلث‌القاعده‌ای است که قاعده آن چهار سانتی‌متر درازا و سه سانتی‌متر پهنا دارد و دو سوی دیگر حدود دو سانتی‌متر است. همه سطوح دریای نور صاف و یک نواخت است، جز یک سمت آن که فتح‌علی‌شاه با کندن عبارت <سلطان صاحب‌قران فتح‌علی‌شاه قاجار 1244>، از ارزش آن کاسته است.
کره جغرافیایی از دیگر اشیای نفیس موزه است. وزن کره با پایه‌های طلایی آن حدود 37/5 کیلوگرم و در روی آن 51366 قطعه جواهر گوناگون به وزن 3656/4 گرم نشانده شده است.
اقیانوس‌ها و دریاها زمردنشان و آسیا مرصع به یاقوت و لعل، ایران مرصع به الماس، اروپا مرصع به یاقوت، آفریقا مرصع به یاقوت سرخ و کبود و آمریکای شمالی و جنوبی و استرالیا مرصع به یاقوت و لعل است و خط استوا به وسیله الماس نشان داده شده و دو حلقه زرین ساده که در روی آن‌ها گل‌های الماس نشان نصب شده، به طور متقاطع کره را در میان گرفته است.
بر روی کره القاب ناصرالدین شاه منبت و الماس نشان شده است. در این کره، کوه دماوند با یاقوت درشتی مشخص و شهر تهران با یاقوت معروفی به نام اورنگ زیب نمایان است.
تاج‌ماه جواهر دیگری است که بعد از دریای نور، در میان جواهرات سلطنتی خودنمایی می‌کند. این سنگ سفید و خوش آب و رنگ بادامی شکل 112 قیراط وزن دارد و در وسط بازوبند سلطنتی بازوی چپ قرار داشت. اما بعدها به صورت دگمه یا بر روی سینه یا پیش کلاه نصب می‌کردند و اینک به صورت پیاده در خزانه جواهرات سلطنتی ایران نگه‌داری می‌شود.
تاج‌کیانی تاجی است که پادشاهان در مراسم تاج‌گذاری از آن استفاده می‌کردند.
