در سال 1355 در کنار مقبره اوحدی مراغه‌ای (شاعر پرآوازه قرن هفتم و اوایل قرن هشتم هجری قمری)، کتابخانه‌ای احداث شد که همزمان بخشی از آن با اندک تغییراتی، به صورت موزه درآمد. ساختمان این موزه که با سبک و شیوه معماری سنتی ساخته شده بود، تا سال 1357 به علت قرار گرفتن در کنار مقبره اوحدی مراغه‌ای، به نام این شاعر معروف شد. این موزه از موزه‌های تخصصی کشور بوده و به علت این که شهر مراغه نقطه عطفی در تاریخ ایلخانی محسوب می‌شود، از سال 1375 با عنوان «موزه تخصصی ایلخانی» مشهور شده است.
آثار ارائه شده در این موزه مربوط به هزاره اول پیش از میلاد و دوره‌های اشکانی و ساسانی است که در بخش‌های جداگانه‌ای به نمایش درآمده است. موزه ایلخانی مراغه حاوی آثار ارزشمندی شامل مجموعه‌های سفال، سکه و بخش‌های شیشه و آبگینه، فلز و کتابت است.
در واقع موزه ایلخانی مراغه جلوه‌گاه بی‌نظیر تمدن عصر حکومت ایلخانی در ایران است. ایلخانان مغول از سال 603 تا 656 هجری قمری بر ایران و ماورای قفقاز حکومت کردند و شهر مراغه را به عنوان مرکز حکومت خویش برگزیدند.
