آرامگاه شیخ حیدر در باغ سرسبز و باصفایی که گورستان قدیمی مشگین شهر بوده و در مرکز شهر قرار دارد، واقع شده است. این بقعه از بیرون به شکل برج مدور و از داخل به شکل 12ضلعی است که تقریباً 18 متر ارتفاع و 10/5 متر قطر دارد و در دو طبقه بنا شده است. طبقه زیرین سردابه است که درِ ورودی آن در شمال برج قرار دارد و به وسیله یک راه‌پله بلند و یک راه باریک، به طبقه دیگر متصل می‌شود و قبر شیخ حیدر که گفته می‌شود پدر شاه اسماعیل اول صفوی بوده است، در منتهی‌الیه سردابه قرار دارد. این آرامگاه از آجر ساخته شده و بدنه خارجی آن مزین به کاشی‌کاری فیروزه‌ای رنگ با اشکال هندسی و آیات سوره فتح و لفظ جلال الله است. ساختمان اصلی مقبره در سده هفتم و هشتم هجری قمری بنا شده است ولی تزئینات و کاشی‌کاری آن به اواخر سده نهم و اوایل سده دهم هجری قمری (دوره صفویه) تعلق دارد.
