تاریخ بنای این خانه ساده و قدیمی به دورۀ قاجار برمی گردد. از درهای اتاق سه دری باغچه کوچک و حوض باصفا را می بینی داخل حیاط برو خانه سه جبهه ای است در سمت راستت سه اتاق کوچک وجود دارد. اتاقهایی که درهای چوبی دولنگه، آنها با شیشه های رنگی و سردر هلالی دیدت را می رباید. در روبروی اتاق سه دری زمستانی اتاق سه دری تابستانی وجود دارد که از پس صفه ورودی آن فضای شبهای تابستان و شب نشینی ها و قصه های پدر و مثنوی و حافظ خوانی را بیادت می آورد.آن سوی صفه دهلیزی است که به مطبخ می رسد کمی در فضای مطبخ که باشی بوی (تنورک) نان محلی شهر و غذایی که در دیگ سنگی بار گذاشته شده و بوی دود و گرمای آتش را برای راحتی فرزندان و همسرش تحمل می کند.
بازاریست کوچک ولی باصفا و زیبا، بازاری به نام زرین، بازاری که به کمک نمایندگی میراث فرهنگی و سازمان بهسازی و نوسازی شهرداری اردکان مرمت شده، کوچک است ولی در گذشته بزرگترین چهارسوق جنوب کشور را داشته است. از میان بازار که می گذری به مسجد جامع شهر با قدمت 800 ساله می رسی آنجا که زیلوهای 800 ساله اش از مردمان گذشته حرف می زنند از آمدنها و رفتن ها از شبهای رمضان و مراسم های محرم حرف می زنند.
از کوچه و ساباط مسجد که می گذری به طرف محله چرخاب به آب انبار قدیمی محله می رسی، آب انبار مجد آب انباری که زمانی از پله های پایاب آن مردان و زنانی بالا و پایین رفته اند که حالا افتخار شهر و کشورمان هستند. آب انبار سر کوچه ای است کوچه ای با خانه هایی درخور ولی کوچک، قدم به قدم به انتهای کوچه که می رسی و از سایه و آفتاب کوچه باریک که می گذری یک بالاخانه نظرت را جلب می کند، در زیر بالاخانه دری چوبی کوچک و دولنگی. در را بگشا دهلیزی باریک و کوتاه، تو را به حیاط می برد، در میان دهلیز سه در است اولی دری که به بام و به طرف بالاخانه می رود. دومی و سومی درهایی است که به بیرونی و اتاق زمستانی سه دری می بردت، کمی دقت لازم است تا جلسه و محفل درس و بحث دینی و مذهبی را در آن ببینی. در میان جمع مردان دینی آینده، استادی باتدبیر و تدبر مردی روحانی نظرها را جلب می کند. آیت ا… سید روح الله خاتمی روحانی روشن ضمیر و مبارزر، امام جمعه و مدرس حوزه علمیه شهر است. آیت الله خاتمی بزرگ مردی که در شب دوشنبه دهم ماه مبارک رمضان سنه 1324 ه . ق دیده به جهان گشود، وی پس از اتمام دوران کودکی به تحصیل علوم دینی پرداخت و تا سن 17 سالگی در اردکان و پس از آن برای ادامه تحصیل و کسب علم به اصفهان که در آن زمان مرکز آموزش علوم دینی بوده است می رود و تا سال 55 ه . ق در آن شهر به کسب علم در علوم گوناگون می پردازد. وی پس از بازگشت به اردکان به تأسیس حوزه علمیه همت گماشت و در نهضت انقلاب اسلامی، رهبری شجاع و اثرگذار برای این شهر بود. مردی که سالها امام جمعه اردکان و یزد بود پس از یک دوره بیماری سایه حمایتش را در پنجم آبان ماه 1367 برکشید و به دیدار حق شتافت.
از میان تمام یادهای این مرد بزرگ، باز در خانه اش گشتی می زنیم تا بدانیم مرد این چنین، چگونه و چطور می زیست.
تاریخ بنای این خانه ساده و قدیمی به دورۀ قاجار برمی گردد. از درهای اتاق سه دری باغچه کوچک و حوض باصفا را می بینی داخل حیاط برو خانه سه جبهه ای است در سمت راستت سه اتاق کوچک وجود دارد. اتاقهایی که درهای چوبی دولنگه، آنها با شیشه های رنگی و سردر هلالی دیدت را می رباید. در روبروی اتاق سه دری زمستانی اتاق سه دری تابستانی وجود دارد که از پس صفه ورودی آن فضای شبهای تابستان و شب نشینی ها و قصه های پدر و مثنوی و حافظ خوانی را بیادت می آورد.
آن سوی صفه دهلیزی است که به مطبخ می رسد کمی در فضای مطبخ که باشی بوی (تنورک) نان محلی شهر و غذایی که در دیگ سنگی بار گذاشته شده و بوی دود و گرمای آتش را برای راحتی فرزندان و همسرش تحمل می کند.
از مطبخ که خارج می شوی در همان دهلیز باریک چند پله به پایین می گذاری به سردابی کوچک می رسی. در انتهای دهلیز به پاباب قنات می رسی اینجاست که به هنر معمار اردکانی پی می بری در فضایی به این کوچکی پایاب و زیرزمین و اتاق انباری در بالای زیرزمین، معمار اردکانی از تمام فضاها استفاده بهینه کرده به گونه ای که نقطه بی استفاده ای نمی بینیم.
خانه را که می بینی جز خانه و فضای معماری چیز دیگری ندارد. ولی اصل، مردمانی هستند که روزگاری را با صفا و صمیمیت و دین مداری در این خانه گذرانده اند.
بخاطر همین مردمان هستند که این خانه، به یاری فرزندان آیت الله خاتمی(ره) و میراث فرهنگی اردکان به موزه رجال و مفاخر شهرستان اردکان تبدیل شده است.
خانه خاتمی در سالی که گذشت با تکمیل سیستم برق به نور پردازی مجهز گردید. و نیز برای راحتی بازدید کنندگان به آبسردکن مجهز شده و چون چندسالی از زمان مرمت اولیه بنا گذشته، نمایندگی میراث فرهنگی مرمتهایی را برای سلامت و سرزندگی بنا انجام داده است.
