این مسجد بنایی است بسیار قدیمی و درنهایت شکوه و جلال که علاوه بر روحانیت معنوی دارای ظاهری دلچسب و فرح انگیز است . امروز با گذشت 1100 سال همچنان این بنا بلند ترین عمارت قاین می باشد .
درمورد بنای اولیه آن اختلاف نظر وجود دارد . استقرار یکی از پایه های مسجد بر روی آتشکده ساسانیان گویای تاریخ کهن آن است . اغلب مورخان و جهانگردان در بیان و معرفی شهر قاین به مسجد جامع صراحتا اشاراتی داشته اند . صوره الارض ابن حوقل (331ه ق) می نوسید :
قاین وسعت آن چند سرخس است و بناهای آن از گل ودارای قهندژ ( کهندژ ) است که خندقی در پیرامون دارد و مسجد جامع و دارالاماره در قهندژ است .
قاین شهری بزرگ و حصین است گرد شهر خندقی دارد و مسجد آدینه به شهر اندر است و آنجا که مقصوره است تاقی عظیم و بزرگ چنانکه در خراسان از آن بزرگتر ندیدیم و آن تاق نه در خور مسجد است و عمارت همه شهر به گنبد است .
از آنجایی که اصطخری مسجد جامع را در قهندژ ( ارگ ) قاین و در کنار دارالاماره دانسته در حالی که صد سال بعد ناصر خسرو و مسجد را در قسمت اماکن عمومی شهر توصیف می کند . احتمال دارد مسجد کنار دارالاماره در طی صد سال بر اثر زلزله ویران شده و مسجد جامع بعدی بر جای نیایشگاه ساسانی ساخته شده باشد .
از کتیبه های متعدد مسجد جامع می توان نتیجه گرفت که این بنا بارها بر اثر زلزله صدمه کلی دیده و مرمت شده است .
در یکی از کتیبه های ایوان بسال 796هجری قمری نوشته شده : این بنا به فرمان جمشید قارن از خاندان معروف قارن که در دوره امیر تیمور جهانگشا حاکم قاین و مدتی حاکم ساری و دامغان بود تعمیر و مرمت شد .
لوحه ای به خط رقاع در داخل رواق پنجم درضلع شمالی حیاط مسجد می باشد و تاریخ آن اول رجب سال 921است . مضمون کلی آن مربوط به زمان فرمانروایی امیر سلطانی است که در (919-921)هجری از سوی شاه اسماعیل صفوی در قاین به این مقام منصوب شد .
سنگ لوحی در سمت راست ورودی ایوان مسجد به ابعاد 120*50سانتی متر و با خط بسیار زیبای رقاع که شاه سلیمان صفوی امر به بازسازی مسجد داد بتاریخ 1080هجری قمری کرده است .
در کاوش های شبستان شمالی به سال 1354ستون های سنگی با درازا و پهنای یک متر در یک متر از سنگ و لاشه وملات و ساروج کشف شده که پایه های کنونی بر روی آنها بنا گردیده وجود یک ستون چهار قلو در شبستان مشابه ستون های مسجد جامع اصفهانی قدمتی از دوره سلجوقی را نشان می دهد که احتمالا در دوره تیموری تجدید بنا گردیده گمانه زنی در این محل به عمق 60سانتی متر وکشف قطعاتی از آجرو سفال های سلجوقی نشان داد که مسجد در یک زلزله شدید خراب گردیده است .
بسیاری معتقدند از قلعه کوه تا دژ مرکزی شهر و مسجد جامع یک تونل زیر زمینی وجود داشته و مورد استفاده بوده . احتمال دارد این معبر با مسیر کاریز جعفر آباد یکی باشد که در نزدیکی قلعه کوه معبرش مجزا می گردد . اگر کاوش های باستان شناسی انجام شود شاید بتوان بسیاری از شگفتی ها را شناسایی و معرفی نمود .
مسجد جامع دارای دو محراب است گرچه این مسجد جزو قدیم ترین مساجد ایرانی می باشد ولی محراب های آن ربطی به تغییر قبله از مسجد الاقصی به مکه ندارد احتمالا یا ناشی از اختلاف اهل سنت و تشیع در محاسبات قبله یابی بوده یا محراب انتهایی ایوان یک نیایشگاه باشد .
مسجد جامع قاین 2470 متر مربع وسعت داشته که 1050 متر مربع آن زیر بنای ایوان . شبستان ها و حجره ها و1200متر مربع عرصه داخلی می باشد . حیاط مسجد محوطه ای به در ازای 33 و پهنای 28 متر است . در اطراف حیاط حجره هایی به عمق 2 متر قرار دارد از شاهکارهای معماری مسجد ایوان آن است که به طرز با شکوهی به زیبایی مسجد گوهر شاد با ارتفاع 18متر . عرض 11متر و طول 22 متر ساخته شده است . قبلا دو مناره در دو سمت ایوان به ارتفاع 5 متر داشته که باعث زیبایی بیشتر مسجد می شدو تا قبل از ویرانی صدای موذن از آن بلند بود . سقف ایوان 4 طاق و 3 گنبد دارد که به طرز زیبایی رنگ آمیزی و تزیین شده ومعرق کاری هایش بسیار ظریف و زیباست نقاشی های ایوان به شیوه اصفهانی بوده و در دوره صفویان انجام شده و در زمان های بعد روی آنها را رنگ زده اند .
دو شبستان در دو سمت ایوان علاوه بر این که در فصل زمستان استفاده خوبی دارند برای جلوگیری از رانش دیوار های اطراف ایوان تاثیر بسزایی دارند .
منبر چوبی بزرگ و نفیس مسجد مربوط به سال 1082هجری است که از چوب چنا رتوسط استاد محمد واعظی کاخکی به طرز ماهرانه ای ساخته شده کتیبه آن با خط مسخ بر روی آن منبت کاری است « عمل استاد محمد مقیم بن استادمحمد ولی بن استاد حسن علی کاخکی فی شهور سنه اثنان و ثمانون بعد الالف »
در میان صحن مسجد پایابی مسقف جهت دسترسی به آب قنات جعفر آباد و به دستور صفشکن خان همزمان با حکومت شاه سلیمان صفوی احداث شد . این پایاب در 5/5 متری عمق زمین دارای 20 پله می باشد . کتیبه ای در حجره جنب پایاب جهت اطمینان خاطر به استفاده از آب قنات جعفر آباد در رابطه با وضو چنین نوشته شده : « چون مزرعه جعفرآباد در پی بازار واقع در بلده قاین چندین سال بایر بود در این ولاء اولاد استاد مرحمت پناه مغفوری میرزا عرب قاینی مالکان مزرعه مذکور آب را جاری کردند و شرط کردند که زراعت آنرا در بیرون شهر به جهت نفع خود نکنند و همه ساله آب آن متصل از در مسجد واقع در بازار می گذشته باشد تا مومنان و مسلمانان که رجوع به مسجد و بازار داشته باشند از آب فایض بوده دعای پادشاه جمجماه ستاره ظل الهی می گفته باشد و ثواب آن به روزگار مالکان برسد و خلاف کننده شرط مذکور به لعنت خدا و نفرین رسول گرفتار گردد . سنه 1046هجری قمری »
در میان صحن مسجد جهت تعیین ظهر شرعی قاین ساعت آفتابی توسط استاد توحیدی ساخته شده دو درب مسجد یکی به سوی بازار قدیمی در شرق با دری بزرگ و دیگری به سوی شمال ( محل بازار فعلی ) باز می شود .
در سمت راست ورودی ایوان مسجد لوح نسبتا بزرگی بصورت عمودی در بدنه دیوار نصب شده و تاریخ آن محرم الحرام سال 1046 هجری قمری است . مفاد کتیبه یک دستور العمل حکومتی درباره مالیات در 24 خط می باشد . متن آن چنین است : « فرمان همایون شد آنکه چون پیوسته مکنون خاطر ماثر نواب همایون مانست که در زمان دولت ابد پیوند و عهد خلافت ارجمند آثار اخبارو احسان در میان طوایف انسان منشر گرددو عموم رعایا وکافه برایا ازمراحم بی دریغ خسروانه بهره مند بوده درکمال رفاهیت و آسودگی در دامن امان غنوده به دعا گویی دوام دولت روز و استدامت سلطنت ابد مقرون قیام نماید . بنا بر ترفیه حال رعایا در معامله سجقان ئیل با توجهات ووجوهات جماعت مذکوره ضمن رعایا فتوح ممالک محروسه سوای کاولیان ولولیان وسند ویان مشهور به خطیران و حسن بداللو و بغدادلو و توابع که مقرر است که از عهده مالیه خود بیرون آیند به قید همه ساله به تخفیف و تصدیق مقر فرمودیم وزیروکلانتر وعمال ومستاجر وهمه ساله سرکار قاین حسب المسطور مقرر دانسته از تاریخ مذکور یک دینار تنخواه من الوجوه به علت مالیه و حقوق دیوانی جماعت ضمن رعایا فتوح طلب ننموده مزاحمت نرسانند و جار نموده جمیع مردم را خبر سازند که مطلع گردند که مالیه شاق به تخفیف مقرر شده یک دینار به احدی ندهند و صورت حکم مذکور بر سنگ نقش نموده بر در مسجد و بقاع الخیر که منظور نظر خلایق بوده باشد نصب نمایند وتغییر کننده را مورد سخط و غضب شاهانه شناسند که ثواب آن روزگار فرخنده آثار عاید گردد .
و همه ساله داران و مستاجران وجوه مذکور را به شرح فوق عمل نموده از تاریخ ورود بر وجه اشرف یک دینار به علت مالیه وحقوق دیوانی جماعت ضمن متعلقه به رعیت خانه که به اجاره و همه ساله ایشان مقرر است باز یافت نکرده طلبی ننمایند و ازاجاره و همه ساله خود برطرف دانند و اگر از جماعت کاولیان و غیره که مالیه ایشان به تخفیف متغیر نشده احدی با مردشتبانی و غیره آن که به موجب ضمن به تخفیف مقرر است اشتغال نمایند به علت مالیه وحقوق دیوانی آن امور که به تخفیف مقرر است طلبی نکرده و آنچه به علت وکاولگیری و غیره که به تخفیف مقرر شده متوجه ایشان باشد . موافق حق وحساب باز یافت نمایند . وزارت رفعت پناه عزت و معالی دستگاه آصفی جلالاخواجه بیگا وزیر خراسان چون مالیه جماعت ذیل رعایای رعیت خانه که به تخفیف مقرر نشده به تخفیف رسیده مشخص نمایند .
جماعت کاولیان و جماعت لولیان و جماعت سندویان مشهور به خطیران و جماعت حسن ابداللو ووجماعت بغداد لو و توابع که از جمله رعیت خانه الکا مذکور چه مبلغ رسد جماعت ظهر است که به تخفیف مقرر شده و چه مبلغ رسد جماعت فوق است که می باید از عهده مالیه خود بیرون آیند و نسخه منقحه ورسدجمعی که به تخفیف مقرر است درست داشته بدفتر خانه همایون فرستد که مستوفیان عظام کرام دیوان اعلی بعد از عرض در دفاتر از این قرار عمل نمایندواگر تا ورود حکم اشرف مستاجر و همه ساله دار بررسد جمعی که به تخفیف مقرر شده در سجقان چیزی گرفته باشد نسخه آنرا به دفتر خانه همایون فرستد که از آن قرار جمع شده همه ساله حساب شود و به آنچه کسر نماید بعد از عرض عوض دهنده همه ساله دارومستاجر وجوه رعیت خانه الکاء مذکور از تاریخ صدور بر آنچه اشرف به شرح عمل نموده به علت رسد جمعی که به تخفیف مقرر شده طلبی ننمایند و رسد جمعی که به تخفیف مقرر نشده بر آنچه وزیر خراسان سازد و تصدیق وزیر گرفته به دیوان آورند . مستوفیان عظام رقم این عطبه در دفاتر خلود ثبت نموده و از شایبه تغییر و تبدیل مصون شناسد و آنچه به علت مالیه رسد جماعتی ظهر جمع باشد از دفتر اخراج نمایند و رسد جمعی که به تخفیف مقرر نشده از قرار آنچه وزیر خراسان مشخص سازد نسخه به دیوان فرستد . بعد از عرض در دفاتر عمل نمایند . در این باب قدغن دانند فی تاریخ محرم الحرام سنه 1046جماعت کهنه فروشان وکهنه چینان وجاعتایینه داران وریگ بندان وجماعت گاوگله بانان وچوپانان وجماعت ماماچکان وآسیابان و ساربانان وسورمالان و دشتبانان و ترک طیبان و حرامان ولش کشان و …
لوحه ای به خط رقاع در داخل رواق پنجم در ضلع شمالی حیاط مسجد می باشد و تاریخ آن اول رجب سال 921است . این کتیبه تا بحال خوانده نشده و برخی از واژه ها آسیب دیدهاست .
مضمون کلی آن مربوط به زمان فرمانروایی امیر سلطان (919-921) هجری قمری بر قاین بوده که از سوی شاه اسماعیل صفوی به این مقام منصوب شده بود .
مسجد جامع قاین به عنوان یک اثر مهم تاریخی و مذهبی و خصوصیات معماری با نبوغ به شماره 295در فهرست آثار ملی ایران قرار گرفته است . لازم است از آسیبهای انسانی و طبیعی در امان بماند و طرح ساماندهی اطراف آن به اجرا در آید .
بسیاری معتقدند از قلعه کوه تا دژ مرکزی شهر و مسجد جامع یک تونل زیر زمینی وجود داشته و مورد استفاده بوده . احتمال دارد این معبر با مسیر کاریز جعفر آباد یکی باشد که در نزدیکی قلعه کوه معبرش مجزا می گردد . اگر کاوش های باستان شناسی انجام شود شاید بتوان بسیاری از شگفتی ها را شناسایی و معرفی نمود .
