مسجد دو مناره در خیابان امام خمینی در بافت قدیم شهر سقز در محله میان قلعه و در دامنه تپه تاریخی نارین قلعه قرار گرفته است. بنای مسجد طبق روایات موجود به زمان شیخ حسن مولانا آباد؛ از عرفای حکیم و ریاضیدانان مشهور عصر افشاریه برمی‌گردد که با توجه به کاشی‌کاری‌های این مسجد که بیشتر شبیه به اواخر افشاریه و اوایل زندیه است، میتوان یقین حاصل نمود که بنا مربوط به دوره افشاریه است و در دوره‌های بعدی مرمت شده است. این مسجد پلانی تقریباً مربع شکل دارد و در ساخت آن از مصالحی همچون خشت خام، ملات گل، سنگ‌های لاشه، آجر و چوب استفاده شده است. ورودی این مسجد که در ضلع غربی قرار گرفته، سردرِ آجری با بافت گره‌چینی آجر و کاشی زرد رنگ دارد. بعد از ورودی یک دالان ارتباطی حدود 3×3/5 متر قرار دارد که از طریق 9 پله میتوان به پشت بام مسجد رسید. شبستان مسجد در ضلع شرقی این دالان قرار دارد و از طریق درگاه جداگانه میتوان به آن راه یافت. در ضلع جنوبی شبستان علاوه بر محراب، دو راه ارتباطی دیگر که به شکل محراب می‌باشند برای راه یافتن به ایوان جلوی مسجد تعبیه شده است. در ضلع شرقی ایوان، مقبره یکی از امامان جماعت مسجد به نام «سید حکیم» قرار گرفته است. حوضخانه مسجد دارای گنبدی آجری با روزنه‌های مدور می‌باشد و کف آن سنگ‌فرش است. احتمالاً حوضخانه که محل وضوی نمازگزاران است، قدیمی‌تر از مسجد کنونی و متعلق به دوران صفویه است. در دیوارهای مسجد از کاشی‌های صابونکی با طرح سرو (درخت زندگی)، از آثار استاد علی اصفهانی برای تزئین استفاده شده است و به نظر می‌رسد که استاد اصفهانی چند سالی در سقز سکونت داشته است.
بالای مسجد دو مناره رفیع قرار دارد و به همین دلیل این مسجد با نام «مسجد دو مناره» شهرت یافته است. در تزئینات مناره‌ها از کاشی‌ها و آجرکاری‌های مُعَقِلی استفاده شده است.
در تاریخ 3 شهریور سال 1391 خورشیدی بر اثر سوزاندن خاشاک و خاموش نکردن کامل آتش، بام مسجد دچار آتش‌سوزی شد که در این حادثه متأسفانه ایوان چوبی و قسمت زیادی از بام چوبی مسجد در آتش سوخت.
