مسجد جامع خرمشهر از قدیم یکی از مراکز اصلی شهر خرمشهر بوده، به طوری که هنوز نیز این مرکزیت را پس از پایان جنگ ایران و عراق و تخریب کامل شهر خرمشهر و بازسازی دوباره آن حفظ نموده‌است. در مقابل این مسجد بازارچه بزرگی وجود دارد که اصناف گوناگون در آن به کسب و کار مشغول هستند.
پس از آغاز جنگ ایران و عراق در 31 شهریور 1359 ه.ش شهر خرمشهر به دلیل نزدیک بودن به مرز شلمچه، یکی از اولین نقاطی بود که مورد حمله ارتش بعثی عراق قرار گرفت. مدافعان این شهر که اغلب از مردم بومی و تعدادی دانشجو بودند، توانستند با حداقل امکانات نظامی به فرماندهی محمد جهان آرا که در آن زمان فرماندهی سپاه پاسداران خرمشهر را بر عهده داشت با سلاح‌های سبک خود و با استفاده از موقعیت آشنایی با منطقه، مدت 35 روز در مقابل ارتش عراق مقاومت کنند و سرانجام در تاریخ 4 آبان 1359 ه.ش آخرین مدافعان شهر نیز به خاطر فشار زیاد ارتش بعثی عراق و کمبود سلاح و تجهیزات مجبور به عقب نشینی از شهر گردیدند. خرمشهر پس از 578 روز (19 ماه) اشغال توسط ارتش بعثی عراق، در تاریخ3 خرداد 1361 ه.ش با حمله نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، ارتش جمهوری اسلامی ایران و نیروی مقاومت بسیج، طی چهار مرحله عملیات نظامی با عنوان عملیات بیت المقدس پس از محاصره خرمشهر، بازپس‌گیری شد.
مسجد جامع خرمشهر یکی از تنها ساختمانهایی بود که در این شهر، پس از بازپس گیری به صورت نیمه سالم باقی مانده بود و همچنین چون این مسجد در زمان مقاومت [قبل از اشغال] مرکز فرماندهی و تدارکات و گردهمایی مدافعان شهر بود، لقب نماد مقاومت را به خود گرفت که در حال حاضر نیز بین بازماندگان جنگ و علاقمندان به تاریخ جنگ ایران و عراق به همین عنوان شناخته می‌شود.
