موزه ملی تاریخ علوم پزشکی ایران در سال 1380 ودر واپسین روزهای وزارت دکتر محمد فرهادی وزیر وقت بهداشت درمان و آموزش پزشکی ایران (و در زمان ریاست جمهوری آقای سید محمد خاتمی) افتتاح شد. طرح اولیه تاسیس این موزه در سال 1376 و بدعوت سازمان میراث فرهنگی کشور آغاز و در جلسه‌ای مشترک و با حضور بزرگان علوم پزشکی کشور به تائید نهائی رسیده و عملیات تاسیس اولین موزهٔ پزشکی کشور آغاز گردید .در احداث و تاسیس این موزه بسیاری چون دکتر ایرج فاضل (ریاست وقت فرهنگستان علوم پزشکی ایران)، دکتر محمد فرهادی (وزیر وقت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی)، دکتر محمدرضا ظفرقندی (ریاست وقت دانشگاه علوم پزشکی تهران و ریاست وقت سازمان نظام پزشکی ایران)، مهندس سید محمد بهشتی (ریاست وقت سازمان میراث فرهنگی کشور)، دکتر سید محمد قدسی (معاونت وقت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی تهران) و جلیل گلشن ( معاونت وقت پژوهشی سازمان میراث فرهنگی کشور) نقش موثر و تعیین کننده داشته‌اند. در سالهای اولیه این طرح، بنائی تاریخی (مربوط به دورهٔ قاجاریه) متعلق به دانشگاه علوم پزشکی تهران جهت تاسیس موزه اختصاص یافت. امور اجرائی موزه تحت نظارت مستقیم وزیر محترم وقت بهداشت و ریاست وقت دانشگاه علوم پزشکی تهران و در حوزهٔ معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی تهران بانجام رسید. همزمان با مساعدت و همکاری سازمان میراث فرهنگی و دانشگاه علوم پزشکی تهران چندین طرح پژوهشی تحت نظر ریاست وقت موزه (آقای دکتر مازیار اشرفیان بناب) جهت شناسائی و جمع آوری کلیهٔ اطلاعات، ادوات و ابزار، اسناد و مدارک تاریخی و همچنین آثار هنری مرتبط با تاریخ علوم پزشکی ایران انجام و با موفقیت به اتمام رسید.تنها در یکی از این طرحها کلیه موزه‌های کشور بطور کامل و طی مدت دو سال مورد بازدید فرار گرفتند تا کلیهٔ آثار مرتبط با تاریخ پزشکی ایران شناسائی و فهرست برداری شوند. پس از چهار سال کار سخت و طاقت فرسا و با مشارکت بسیاری از علاقمندان به تاریخ پزشکی بیش از از سه هزار اشیاء، ابزار و ادوات پزشکی، کتب خطی، اسناد و مدارک مرتبط با تاریخ پزشکی کشور و همچنین آثار هنری مرتبط جمع آوری و در مجموعه‌ای بسیار زیبا و پر بار مورد بهره برداری قرار گرفت.اهداف موزه ملی تاریخ علوم پزشکی: تدوین تاریخ جامع علوم پزشکی ایجاد مرکز جامع اطلاع رسانی تاریخ علوم پزشکی شناسایی منابع مکتوب، مؤسسات و افراد پژوهشگر، آثار، ادوات، اسناد و نسخ خطی مربوط به تاریخ علوم پزشکی برگزاری برنامه‌های بزرگداشت مفاخر تاریخ علوم پزشکی و معرفی خدمات و آثار ایشان ایجاد ارتباط و همکاری با سایر مراکز تحقیقاتی در زمینه تاریخ علوم پزشکی ایران در داخل و خارج از کشور.واحدهای مختلف موزه ملی تاریخ علوم پزشکی: بخش نمایشگاه کتابخانه تخصصی اخلاق و تاریخ پزشکی سالن‌های همایش و کنفرانس می باشد.همچنین بخش‌های مختلف موزه: ابراز و ادوات پزشکی دیرین انسان شناسی اسناد و نسخ خطی حکیم احمدیه دواخانه نظامی چشم پزشکی داروهای سنتی است .بخش‌های جنبی موزه: کتابخانه تخصصی مرکز تحقیقات اخلاق و تاریخ پزشکی سالن‌های اجتماعات و کنفرانس معاونت پژوهشی دانشگاه علوم پزشکی تهران، متولی موزه تاریخ علوم پزشکی است.موزه ملی تاریخ علوم پزشکی ایران در تهران ، خیابان کارگر شمالی, خیابان شانزدهم(فرشی مقدم), انتهای کوچه پارک علم و فناوری واقع است.
