منطقه حفاظت شده مراکان در جنوب سواحل رودخانه ارس و در شهرستان خوی قرار دارد .
مرز شمالی این منطقه رودخانه مرزی ارس و جمهوری آذربایجان است.
این منطقه از شمال به رودخانه ارس ، از جنوب به دشت فرسایشی رودخانه قطور چای ، از غرب به دشتهای کشاورزی قره ضیاالدین و از شرق به جاده اصلی که از جلفا منشعب شده و به سمت جنوب ادامه می‌یابد در امتداد خط لوله گاز محدود می‌شود . سد ارس در بخش شمال غربی منطقه واقع شده است .
حداقل ارتفاع منطقه 720 متر در بخش شرقی منطقه و حداکثر ارتفاع منطقه 2100 متر در ارتفاعات کلیسای سنت استپانوس قرار دارد . به طور کلی دور تا دور منطقه حالت دشت و تپه ماهور بوده و ارتفاعات منطقه در بخش میانی آن قرار دارد.
در تاریخ 20/7/1344 مراکان و یکانات بعنوان منطقه حفاظت شده تصویب گردید و پس از آگهی تحت حفاظت قرار گرفت .
در سال 1346 منطقه یکانات از مراکان جدا شد و مراکان با وسعتی معادل 92715 هکتار بر اساس مصوبه شماره یک شورای عالی شکاربانی و نظارت بر صید در تاریخ 2/6/1346 بعنوان منطقه حفاظت شده به تصویب رسید .
تا قبل از سال 1346 به علت چرای بی رویه احشام ، قطع اشجار ، شکار غیر قانونی و تبدیل علفزارها به زمین‌های کشاورزی ، تخریب اراضی مختلف منطقه به شدت رو به فزونی گشت ولی در سال 1346 پس از برخورداری از عنوان حفاظت شده و سعی و کوشش شکاربانان پوشش گیاهی منطقه احیا گردید. منطقه
حفاظت شده مراکان خوی بعنوان مهمترین و زیباترین منطقه اکوتوریسم با 103هزار و 983 هکتار مساحت از قدیمی‌ترین مناطق چهارگانه سازمان حفاظت محیط زیست است.
این منطقه بر اساس مصوبه شماره 220 شورایعالی حفاظت محیط زیست در تاریخ25/7/1380 به مساحت11435 هکتار تحت حفاظت قرار گرفت .
در منطقه حفاظت شده مراکان 28 گونه از 12 خانواده در 5 راسته پستاندار شناسایی شده است که شاخصترین آنها عبارتند از : قوچ و میش ارمنی ، کل و بز ، پلنگ ، سیاه گوش ، هامستر خاکستری.
تاکنون در این منطقه 128 گونه پرنده متعلق به 34 خانواده مورد شناسایی قرار گرفته است که از عمده‌ترین آنها می‌توان هما ، عقاب طلایی ، بالابان ، کبک دری ، کبک چیل ، کرکس مصری ، دال می‌باشند .
تاکنون 34 گونه از خزندگان و ماهیان منطقه مورد شناسایی قرار گرفته است که از مهمترین آنها می‌توان به افعی البرزی ، لاک پشت مهمیزدار غربی ، ماهی اسبله و … اشاره کرد
سیمای کلی منطقه جنگلی – کوهستانی است که رودخانه زاب از وسط آن می‌گذرد . حداقل ارتفاع منطقه در بستر رودخانه زاب 1300 متر و حداکثر ارتفاع منطقه 1852 متر در قله کوه حاج متک میباشد .
علاوه بر اجتماع درختان بلوط که 70 درصد پوشش جنگلی منطقه را تشکیل می‌دهد ، اجتماعات کوچکی از ولیک ، زالزالک ، بنه ، کیکم ، گردو ، بادام وحشی و بعضاً سماق در منطقه قابل مشاهده است . همچنین تک درختان سیب ، گلابی ، گوجه وحشی و نسترن نیز در منطقه بچشم می‌خورد .
منطقه حفاظت شده مراکان از لحاظ پوشش گیاهی دارای 10 تیپ اصلی و مقداری اراضی زراعی ،جنگلی ،صخرهای و شهری میباشد.پوشش گیاهی منطقه از پراکندگی خاصی در نقاط مختلف آن برخوردار بوده بطوریکه در بخشهای گرم ،تپه ماهور ،در شیب‌های ملایم و غیر صخره ای ترکیبی از جوامع علفی و گراس‌های مختلف نظیر استیپا ،پوا ،مرغ ،جودوسر ،و آگروپیرون معمولا همراه با رویش گونه‌های درمنه تشکیل شده است در سایر مناطق به ویژه در نقاط مرتفع ،انواع گونه‌های خشک ،خاردار و پشته ای نظیر گون‌ها ،چوبک و کلاه میر حسن با گونه‌های علفی همراه می‌شوند .در پاره ای از نقاط آن فقط گونه درمنه با گونه‌های علفی همراه دارد.در کوهپایه‌ها و درههای نقاط مختلف منطقه ،مخصوصا در ارتفاعات شمالی و مرکزی درختچه هایی نظیر شیر خشت ،رامنوس ،نارون ،گلابی وحشی ،کاهی بنه و نسترن وحشی به چشم می‌خورد .جوامع گز در کناره‌های رودخانه ارس و گونه قیچ غالبا در غرب دره شام از گویسال تا آق بلاغ بطور پراکنده دیده می‌شود.
در اکثر درههای پرآب ، اجتماعات بزرگ گردو شکوه خاصی به منطقه بخشیده است . همچنین در کنار و حاشیه رودخانه‌ها اجتماعات بید و زبان گنجشک و تبریزی نیز یافت می‌شوند .
خرس قهوه ای ، سنجاب ایرانی ، گراز ، گرگ ، خرگوش ، لک لک سفید ، کشیم بزرگ ، شاه بوف ، قرقی ، گونه هایی از اردکها ، گونه‌های مختلفی از مارمولکها از شاخصترین گونه‌های جانوری منطقه هستند.
