روستای کمجان در شمال غربی کوهستان کرکس واقع است و یکی از روستاهای حوزه برزرود به شمار می رود.ارتفاع این روستا از سطح دریا 2500 متر و برای رفتن به این روستا از یک جاده فرعی که در محلی به نام هنجن از جاده اصلی کاشان-نطنز منشعب می شود می توان استفاده کرد و فاصله آن تا جاده اصلی حدود 15 کیلومتر می باشد.
این روستا در بین روستاهای همجوار بیشترین مساحت را دارد.از شرق به روستای یارند و روستای تکنه و از غرب به روستای برز و طره،از شمال به روستای وش و از جنوب به روستای سه مشرف است.
این روستا دارای مزرعه های زیادی است که هر کدام برای کشت محصولات خاصی بوده است ،مثل دشت کمجان،دشت باقوس،دشت کروند که بزرگترین مزرعه در منطقه می باشد و تحفه نطنز از آنجاست،دشت سی ینه ،دشت سور ،دشت دور ،دشت سردستان ،دشت نقله و مراتع زیاد نیز دارد که هرکدام نام خاص خود را دارد.
