مسجد تاریخی یعقوبی در محله یعقوبی در ضلع شرقی خیابان امام خمینی در انتهای کوچه شهید آبشور شهر یزد قرار گرفته است . در کنار این مسجد ، آب انبار و حسینیه و مسجدی جدید قرار دارد.
مسجد یقوبی دارای صحن و ایوان و گنبدی نسبتاً کوتاه ، شبستان تابستانی با سقفی بلند و شبستان زمستانی با قوس هایی کوتاه است که بخش زمستانی در ضلع غربی و بخش تابستانی در ضلع شرقی صحن ، ایوان و گنبد کوچک در ضلع جنوبی صحن واقع شده اند . ورودی شبستان به حسینیه باز می شود .
مسجد یعقوبی و قنات معروف آن از آثار ابو یعقوب ، یکی از چهار سرهنگ دستگاه حکومت علاءالدوله و پسرش ابومنصور فرامرز است . چون علاءالدوله با چهار سرهنگ و قوم خود دیالمه به یزد آمد ابو یعقوب که یکی از سرهنگان او بود ، قنات یعقوبی و ده یعقوبی را بساخت .
شبستان تابستانی مسجد در سال های اخیر نوسازی و تا ارتفاع یک متری کف ، سنگ نصب شده است . شبستان زمستانی در طرفین محراب دارای نیم طبقه است ، قسمت زیرین نیم طبقه در ضلع شرقی غرفه وجود دارد و در ضلع غربی از داخل مسجد مسدود و به کوچه متصل است . در واقع کوچه ضلع غربی شبستان زمستانی مسجد مسقف شده و بر سقف کوچه ، نیم طبقه مسجد ساخته شده است .
محراب مسجد دارای کاشی کاری به رنگ های فیروزه ای در طرح شش ضلعی ( لا نـه زنبوری ) به ارتفاع یک متر است . دور این کاشی کاری ها نواری باریک ازکاشی معرق به رنگ لاجوردی و سفید وجود دارد . داخل مسجد فاقد هرگونه تزئیناتی بوده و با گچ اندود شده است . بنای مسجد را در کل می توان دو طبقه دانست . طبق گفته خادم مسجد و پیشنماز آن ، در گذشته این مسجد ، مسجد جامع محل بوده و گلدسته و دو مناره داشته که به وسیله سیل تخریب و چندین مرتبه مرمت شده است و سرانجام شبستان جدید بر روی شبستان قدیمی بنا شده است .
در گذشته دو کتیبه در مسجد مذکور وجود داشته که به سرقت رفته اند . در داخل شبستان قدیمی اتاقی وجود دارد که به اتاق حضرت عباس یا قدمگاه مشهور است و مردم در آن به چله نشینی و عبادت می پردازند .در حال حاضر این مسجد بدون مناره بوده و گنبد آن هم آجری ساده است .
احمد کاتب درمقالت هشتم کتاب تاریخ جدید یزد در مورد این مسجد چنین می نویسد :
« در زمان نصرة الدین شاه یحیی این مسجد بساختند و مناره نیکو بر آوردند و مردم یعقوبی و مریاباد و سلغر آباد و مادر امیر در آن مسجد اقامت جمعه می کردند . و این مسجد به سعی شاه یحیی تمام شد و شاه یحیی عمله را نصب فرمود و وظیفه معین گردانید . در سنه خمس و ثمانین و سبعمائه این مسجد تمام کردند » ( 785 ه . ق )
در صفحه 74 کتاب یادگارهای یزد در مورد مسجد یعقوبی چنین بیان شده است :
« این آبادی که نامش در تـلفظ محلی یا قوبی است از قسمت های قدیمی و سابقه دار یزد است و اکنون با گسترش شهر ، از محله های متصل به شهر محسوب می شود . در زمان ایجاد ، آبادی از حومه شهر بوده است . بنیاد یعقوبی و قنات معروف آن از آثار ابو یعقوب ، یکی از چهار سرهنگ دستگاه حکومت علاءالدوله و پسرش ابومنصور فرامرز است . چون علاءالدوله با چهار سرهنگ و قوم خود دیالمه به یزد آمد ابو یعقوب که یکی از سرهنگان او بود ، قنات یعقوبی و ده یعقوبی را بساخت و چون درگذشت علاءالدوله کالیجار ، ـ پدر ابو منصور فرامرز ـ در سال 432 اتفاق افتاده پس تاریخ ایجاد یعقوبی در حدود این تاریخ بوده و با لطبع قنات یعقوبی و آبادی آن از آثار قرن پنجم یزد است .
در جامع مفیدی پس از ذکر همین مطالب گفته شده است که :
” در سنه اثنی و ثلثین و سبعمائه به سعی جمعی از اصحاب ، مشارب آب قنات مزبور زیاده گشته و اکنون معمور است … ”
اثر مهم قدیم در این محله ، مسجدی است که شرح آن به این گونه است : از ابنیه قدیم که در یعقوبی بنا شده و ذکر آن ها در کتب تاریخ یزد آمده مسجد جامع آن محل است که نصرت الدین یحیی مظفری در 785 هجری قمری بساخت .
محراب مسجد با کاشی های مسدس آبی رنگ عصر تیموری و با حاشیه کاری معرق به رنگ های آبی و سفید نظیر آن چه در بسیاری از مساجد یزد به کار رفته تزئین شده است . یگانه اثر تاریخ داری که در این مسجد دیده می شود یک قطعه کاشی نوشته دار است که در بالای سردر کوچک شمالی مسجد نصب است و شامل وقف نامه ای به تاریخ 1036 هجری قمری است .
این بنا به شماره 2504 در فهرست آثار تاریخ ایران به ثبت رسیده است .
