مسجد جامع میبد مجموعه ای از چند مسجد است که گونه های فضایی متنوعی را با طرحهای چندگانه عرضه می نمایند . این مسجد از نوع مساجد ایوان دار مرسوم در منطقه یزد است که از صحن مرکزی ( حیاط ) رو باز با طرح تکرار طاقنما در بدنه ها، و فضاهایی چون گنبد خانه و ایوان وسیع و بلند و شبستان های کناری به عنوان بخش تابستانه در جهت قبله و شبستان های زمستانه ( یا گرمخانه ) در سه جهت دیگر تشکیل شده و ورودی اصلی آن با سر در نسبتاً بلندی از طرف کوچه شرقی ، با گذر از یک فضای تقسیم ( هشتی ) به صحن باز می شود.مسجد کوچک حاجی حسنعلی در نبش شمال شرقی مجموعه ، دارای صحن طاقنما دار و شبستانی در جهت شمال می باشد که به فضای مخروبه پشت، متصل است . مسجد حسنی ( امام حسن ع ) در شمال غربی مجموعه دارای گنبد خانه ای است، با دو ردیف شبستان در جهت غرب و شرق و یک ردیف در جهت شمال که ورودی این بخش، نیز از همین جبهه است. فضای بدون ساخت وساز غربی نیز در گذشته محل مسجدی بوده که اکنون وجود ندارد . به طورکلی ساختمان کهن مجموعه با خشت و گل بنا گردیده وچندان تنوع مصالح ندارد. پوسته داخلی ایوان ، پیشانی سرپایه های نمای صحن، در چهار طرف و پوسته بیرونی گنبد، با طرحهای ساده هندسی آجری کارشده است . حداقل آرایه ها در فضای معماری اصیل مسجد به چشم می خورد .
بر کتیبه کاشی معرق که در بدنه داخلی محراب ، انتهای گنبد خانه نصب است تاریخ 867 ه. ق و نام دوازده امام و بر کتیبه چوبی درب ورودی تاریخ 913 ه. ق و آیه ای از قران نگاشته شده است. مسجد جامع میبد بنا به نوشته های تاریخی و مستندات معماری و باستان شناسی ، از جمله مساجد کهن تمدن اسلامی ایران محسوب می شود . بنیان مسجد ، مربوط به حدود سده دوم هجری است که شواهد و مدارک حکایت از طرح مسجدی شبستانی با صحن و فضای سر پوشیده دارد . عمق شبستان در جهت قبله برابر با دو فرش انداز بوده و نبش پایه ها، نیم ستون هایی داشته که قوس های باربر بر آنها استقرار داشته است. مسجد این زمان در کنار مساجد کهن نخستین فهرج ، ساوه ، اصفهان ، دامغان و یزد قرار می گیرد .
همزمان با تحولات معماری در گستره تمدن ایران و وارد شدن عناصر فضایی ایرانی ، در طرح فضایی و نقشه مسجد جامع میبد نیز، تغییر ایجاد شد . به این صورت که بنا از طرح شبستانی به مسجدی گنبدی و ایوان دار تبدیل شده و به سوی غرب گسترش پیدا کرد و مناره ای قطور و بلند در انتهای ضلع شمالی به مجموعة فضایی افزوده گردید . ( در حدود سده ششم هجری) اما گسترش تاریخی بنای مسجد جامع پس از سدة هفتم اتفاق افتاده است . گنبد خانة خشتی و شبستان اطراف آن که به نام امام حسن (ع) شهرت دارد ،در شمال غرب به مسجد افزوده و فضای پشت مناره نیز جزء بخش سر پوشیده مسجد شد. مسجدی ایوان دار در سمت غربی مسجد قدیم الحاق گردید که آخرین حد گسترش فضایی بوده که تا چند سال پیش نیز آثار آن در زمین مسطح و خالی فعلی وجود داشت. جهت قبله در فضاهای مربوط به دورة گسترش، نسبت به مسجد قدیمی انحراف دارد . در حدود سدة نهم هجری تعمیرات و تغییراتی در بخشهای مختلف پس از آسیب های وارده به بنا صورت گرفته و محراب فعلی جایگزین محراب قدیمی شد؛ تاریخ 867 نیز مربوط به همین زمان است . تغییر در طرح صحن مسجد و ساخت شبستان شمالی در جای فضاهای قدیمی و بخشی از مناره ، بعدها در بنا بوجود آمد.
آخرین تغییرات و تحولات اساسی مسجد مربوط به دورة قاجار می شود که شامل ساخت مسجد حاجی حسنعلی در شمال شرقی مجموعه و شبستان زمستانی حاجی رجبعلی در بخش غربی صحن، با جهت قبله ای متفاوت از فعالیتهای دو برادر خیّر میبدی است که جایگزین ساختارهای قدیمی گردیدند.
