این بنا در محله قدیمی لنبان واقع شده و بنای کنونی آن از آثار دوره صفوی است که بر روی بقایای مسجدی از قرن هشتم هجری بنا شده است. در رساله «محاسن اصفهان» تألیف مافروخی نام محله لنبان بارها آمده و مخصوصاً مسجد و عمارتی توصیف شده که یکی از ارکان نامی اصفهان، آن را در قرن هشتم هجری ساخته بوده است. مسجد مزبور در دوره صفویه بازسازی شده و در دوره‌های بعدی نیز تعمیراتی کلی در آن صورت گرفته است، به طوری که از آثار قدیمی آن، به غیر از چند قطعه گچ بری مربوط به قبل از صفویه و چند لوح کاشی کاری از دوره صفویه که در تالار جدید مسجد برجای مانده، چیز دیگری مشهود نیست. خطوط باقی مانده بر دو لوح کاشی به خط ثلث سفید بر زمینه لاجوردی و مورخ 1080هـ . ق است. در بالای در ورودی مسجد به خط نستعلیق سفید بر زمینه کاشی لاجوردی، اشعاری نوشته شده که حاکی از تعمیر مسجد در دوره شاه سلیمان صفوی است. کتیبه سردر مسجد لنبان، از اضافات قرن سیزدهم هجری، مورخ 1256 است. در زیر تالار بزرگ مسجد، نهر آبی جریان دارد و سردابه‌ای بنا شده است. منبر مسجد، معروف به منبر صاحب الزمان، مورخ 1114هـ . ق، از نفیس‌ترین منبرهای عهد صفوی است. این بنا به شماره 293 به ثبت تاریخی رسیده است.
درکتب مختلف چنین ذکر شده است که اولین مسجدی که در اصفهان بنا شده مسجد لنبان بوده و حضرت مجتبی (ع) در این مسجد نماز خوانده است. مشهور است که قبر یکی از پیامبران زیر شبستان این مسجد قرار دارد.
