پس از شهادت مظلومانه ی امام رضا (ع) برخی از اولاد پیغمبر که شنیده بودند حاکم اصفهان از شیعیان است به اصفهان آمدند ولی وقتی به اصفهان رسیدند قضیه بر عکس شده بود ، زیرا حاکم تغییر کرده بود.
مامون الرشید که از خراسان به قصد بغداد عزم مسافرت داشت در بین راه در شهر ری یکی از اولاد موسی ابن جعفر نزد او آمد و گفت: از اطراف نامه هایی به او می رسد که مامون پس از حضرت علی ابن موسی الرضا امر ولی عهدی را به حضرت هارون ابن موسی برادر بزرگ حضرت واگذار می کند.
در میان علووین مانند هارون ابن موسی در انظار کسی به بزرگی و جلالت ،قدر او نبود.
هارون بر خلافت خود ترسان شد لذا بعامل خود در اصفهان دستور به شهادت هارون داد. سپس هارون ابن موسی در اصفهان مسموم شد البته برخی مورخین هم میگویند که مردم بیرون آمدند و به او تهاجم کردند و او مانند مسلم ابن عقیل از خود دفاع کرد تا شهید شد.
در زمان عضد الدوله مقبره ای برای قبرش به امر وزیر شیعی برای او ساخته شد.
پس از شهادت هارون جماعت باقیمانده از اولاد موسی ابن جعفر شبانه خود را از اصفهان خارج کردند و در روستاها و صحرا ها مخفی شدند.
امام زاده هارونیه در محل میدان امام علی علیه السلام ، خیابان هارونیه قرار دارد.
