مدرسه تاریخی خیرات‌خان حدود 300 سال پیش یعنی سال 1057 هجری قمری و در دوره صفویه بنا شد. بنیانگذار این مجموعه عظیم، یکی از رجال و ثروتمندان دوره پادشاهی شاه عباس دوم به نام خیرات‌خان می‌باشد. این مدرسه زیبا که به نام سازنده آن نام‌گذاری شده در روزگار خود از بزرگ‌ترین و مشهورترین مدارس علمیه شهر مشهد به حساب می‌آمده است. زمان تأسیس این مکان بعد از فوت خیرات‌خان بوده چون این مرد بزرگ در اواسط ساخت این بنا دار فانی را وداع می‌گوید. امروزه مدرسه خیرات‌خان در مجموعه ساختمان‌ها و بیوتات آستان قدس رضوی و در جانب شمال‌شرقی حرم مطهر امام رضا(ع) خودنمایی می‌کند. اما در زمان طرح‌ریزی و بنیان نهادن در بن‌بستی به نام « بست پایین خیابان » واقع شده بود. بن‌بستی که روزگاری یکی از بن بست‌های مهم و اصلی این شهر به شمار می‌رفته است.
در دوران صفویه، این مدرسه اهمیت بسیاری داشته و طلاب و استادان بسیاری در آن رفت و آمد می‌کردند. اما متأسفانه با روی کار آمدن دولت قاجار دیگر مدارس علمیه و از جمله این مدرسه شور و حال سابق خود را از دست دادند. در این دوره، اکثر مدارس یا در حال تخریب بودند و یا مجالس درس و بحث در آن‌ها رونق فراوانی نداشت. اما باز در زمان پهلوی دوم، این مدرسه‌ها نه مانند گذشته اما تا حدی کلاس‌های آموزشی خود را دایر و طلاب مشتاق یادگیری دوباره پا به این اماکن گذاشتند.
مدرسه خیرات‌خان با مساحتی در حدود 1500 متر مربع و 79 حجره در قالب بنایی دو طبقه گرداگرد حیاط مرکزی ساخته شده است. بنای این مکان زیبا و منحصربه‌فرد به شکل چهار‌ضلعی می‌باشد. در واقع می‌توان گفت که سبک معماری این بنا متأثر از معماری دوران صفوی می‌باشد. همچنین، در قسمت جنوب و شمال این مدرسه، دو ایوان بلند نیز وجود دارد. سردر ایوان‌های خیرات‌خان با کاشی‌های بسیار زیبا مزین شده و پنجره‌های چوبی مشبک آن‌ها جلوه‌ای خاص به ساختمان داده است. ایوان ورودی مدرسه نیز در ابعاد 2/30 × 4/30 متر به همراه تزیینات آجرنمایی آن تا ارتفاع 3 متری و مقرنس کاری سقف واقعاٌ بی‌نظیر است.
باید بدانید که این بنای عظیم به جهت عدم رسیدگی مسئولین امر و فرسودگی به شدت ویران شده بود. تا این‌که بعد از پیروزی انقلاب اسلامی کاملاٌ تخریب و مطابق نقشه‌ای دقیق در زمینی به مساحت 2000 متر مربع بازسازی و به روی عاشقان علم گشوده شد. ساختمان جدید با وجود چهار باغچه پر از گل زیبا و حوض و آب‌نمای مرکز حیاط واقعاٌ زیبا به نظر می‌رسد.
لازم به ذکر است که کتابخانه‌ای غنی دارای کتاب‌های دست‌نویس نفیسی نیز در این مدرسه وجود دارد. البته تاریخ افتتاح آن معلوم نیست. اما با توجه به این‌که فردی به نام نصرت‌الملک تیموری در سال 1303 تعداد 200 جلد کتاب را وقف این کتابخانه کرده احتمالاٌ تاریخ گشایش آن نیز همان سال می‌باشد.
گفتنی است که این مدرسه هم اکنون بخشی از دانشگاه علوم اسلامی رضوی بوده و دانشجویان و طلاب در آن به تحصیل علم مشغول هستند.
